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Gueguen Mikael, 10/20/2015 11:26 AM


Mésocentre SPIN Calcul

Introduction/Les calculateurs

2 machines de calcul de marque SGI sont disponibles pour des usages différents :

  • une machine SMP (à mémoire partagée)
  • une machine à mémoire distribuée.

Chaque calculateur dispose de PBSpro avec des files et des usages définis spécifiquement. Ils disposent aussi d'outils et librairies de calcul spécifiques performants proposés par le constructeur (mpt,perfboost,MPInside, blcr).

PBS

introduction

création de script de soumission, soumission et suivi

codes de retour suite à l'arrêt d'un calcul


Machine de calcul MPI, THOR

La machine de calcul Thor est un cluster MPI SGI ICE-X de 2300 coeurs. Il est composé de 115 lames de calcul bi-socket Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2680 v2 @ 2.80GHz (20 coeurs par lames) avec 32 Go de mémoire par socket soit 3.2 Go par coeurs.

Chaque lame est raccordée à un réseau Infiniband hypercube enhanced FDR à 56 Gbit/s. Le stockage des données de calcul est basé sur un système de fichier parallèle Lustre 2.5 via le réseau Infiniband. Il offre une capacité de 56 To pour le répertoire /scratch et de 21 To pour le répertoire /home.

vue thor architecture

La connexion à la machine se fait à l'adresse thor.univ-poitiers.fr par ssh sur le port 86 :

ssh -p 86 -X homer@thor.univ-poitiers.fr

monitoring : http://thor-ganglia.univ-poitiers.fr

Documentations à télécharger

librairies MPI

Compilateurs

Codes installés

Les codes installées sont à utilisés avec l'utilitaire module pour le chargement adhoc des variables d'environnement :

[homer@thor ~]$ module avail codes

------------------------------------------------------- /sw/Modules/modulefiles -------------------------------------------------------
codes/abinit/7.10.1   codes/lammps/2013     codes/saturne/3.2.1   codes/vasp/5.3/kpar   codes/wien2k/2014
codes/espresso/5.1.1  codes/openfoam/2.3.1  codes/vasp/5.3/gamma  codes/vasp/5.3/noncol codes/zebulon/Z8.6

librairies installés

les librairies dynamiques possèdent généralement un module associé afin de charger correctement l'environnement :

[homer@thor ~]$ module avail lib
------------------------------------------------------- /sw/Modules/modulefiles -------------------------------------------------------
lib/boost/1.55      lib/fftw/3.3.4      lib/mumps/4.10.0    lib/parmetis/4.0.3  lib/petsc/3.5.2-opt
lib/cgns/3.1.4      lib/metis/5.1.0     lib/mumps/5.0.0     lib/petsc/3.4.3-opt lib/vtk/5.10.1

  • VTK visualization toolkit
  • BOOST librairie c++
  • PETSc librairie de calcul parallèle
  • blcr utilitaire pour faire du Checkpoint / Restart
  • perfboost utilitaire pour améliorer les performances d'un code MPI non compilé avec la librairie MPT de SGI

Commandes

espace disque et quota

  • Connaitre l'espace utilisé sur le systême de fichier LUSTRE et le quota associé au compte : lfs quota /home ; lfs quota /scratch ; lfs help quota
    [homer@thor]$ lfs quota -h /scratch
    Disk quotas for user homer (uid WWWW):
         Filesystem    used   quota   limit   grace   files   quota   limit   grace
           /scratch  138.3G      0k      0k       -    6788       0       0       -
    Disk quotas for group springfield (gid ZZZZ):
         Filesystem    used   quota   limit   grace   files   quota   limit   grace
           /scratch  7.301T      0k      0k       -  446904       0       0       -
    [homer@thor]$ lfs quota -h /home
    Disk quotas for user homer (uid WWWW):
         Filesystem    used   quota   limit   grace   files   quota   limit   grace
              /home  12.11G      500G      2T       -  288527       0       0       -
    Disk quotas for group springfield (gid ZZZZ):
         Filesystem    used   quota   limit   grace   files   quota   limit   grace
              /home  2.294T      0k      0k       - 1059718       0       0       -
    
  • Connaitre l'espace utilisé sur un répertoire
    [homer@thor]$ du -sh
    376K    .
    

commandes propres à thor

ces scripts sont localisés sous /sw/tools/bin. Pour les utiliser ajouter ce chemin au PATH dans votre .bashrc

PATH=$PATH:/sw/tools/bin

  • qmem : permet de tracer l'utilisation mémoire d'un job
  • gload : charge machine données par l'outil de monitoring ganglia
    [homer@thor]$ gload
            total cpus available  : 2460
            total used nodes      : 110
            total used process    : 1969
            1mn load on thor      : 78.9272357723577 %
            idle load on thor     : 20.4073170731707 %
    
    
  • pbsn : liste les noeuds et leurs états (down, job-exclusive, free)
  • connaitre les noeuds libres :
    [homer@thor]$ pbsn |grep free
    r1i4n11    free    65000000kb    20
    r1i4n15    free    65000000kb    20
    r1i5n13    free    65000000kb    20
    r1i7n9    free    65000000kb    20
    
  • compte le nombre de noeuds utilisés
    [homer@thor ~]$ pbsn | grep job | wc -l
    31
    

HULK - SGI UV2000 - Machine NUMA

Le calculateur SGI - UV2000 est une machine à architecture NUMA composée de :
  • 58 lames de calcul bi-socket avec des processeurs Intel Xeon Sandy Bridge E5-4650 (8 coeurs) et 32 Go de mémoire par lame
  • 2 lames de calcul GPGPU Nvidia K20
  • 2 lames de calcul avec carte graphique K2000
  • un réseau NumaLink6 topologie Hypercube
  • un espace de stockage de 19 To utile /data
Soit un total de :
  • 928 coeurs logiques (hyperthreading actif)
  • 1771.84 GB de mémoire total
[homer@hulk ~]$ cpumap
Tue Aug 25 13:56:14 CEST 2015
hulk

This is an SGI UV
model name           : Intel(R) Xeon(R) CPU E5-4650 0 @ 2.70GHz
Architecture         : x86_64
cpu MHz              : 2701.000
cache size           : 20480 KB (Last Level)

Total Number of Sockets                 : 58
Total Number of Cores                   : 464    (8 per socket)
Hyperthreading                          : ON
Total Number of Physical Processors     : 464
Total Number of Logical Processors      : 928    (2 per Phys Processor)

UV Information
 HUB Version:                  UVHub  3.0
 Number of Hubs:              60
 Number of connected Hubs:          58
 Number of connected NUMAlink ports:      576


Connexion à la machine de visualisation

Soumission interactive sur les GPUS

Librairies installées

Codes Installés

Codes sur GPU

archi_thor.png - architecture (356 KB) Gueguen Mikael, 05/22/2015 03:27 PM

thor.jpg (519 KB) Gueguen Mikael, 05/22/2015 03:28 PM

IMG_1361.JPG - vue thor (103 KB) Gueguen Mikael, 09/01/2015 11:17 AM

initiation_linux_15-03-2021.pdf (4.61 MB) Laplaceta Pierre Francois, 03/15/2021 04:39 PM