Mésocentre SPIN Calcul¶

Machine de calcul MPI, THOR¶

La machine de calcul Thor est un cluster MPI SGI ICE-X de 2300 coeurs. Il est composé de 115 lames de calcul bi-socket Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2680 v2 @ 2.80GHz (20 coeurs par lames) avec 32 Go de mémoire par socket soit 3.2 Go par coeurs.

Chaque lame est raccordée à un réseau Infiniband hypercube enhanced FDR à 56 Gbit/s. Le stockage des données de calcul est basé sur un système de fichier parallèle Lustre 2.5 via le réseau Infiniband. Il offre une capacité de 56 To pour le répertoire /scratch et de 21 To pour le répertoire /home.

La connexion à la machine se fait à l'adresse thor.univ-poitiers.fr par ssh sur le port 86 :

ssh -p 86 -X homer@thor.univ-poitiers.fr

monitoring : http://thor-ganglia.univ-poitiers.fr

PBS¶

création de script de soumission¶

• principales directives de PBS

codes de retour suite à l'arrêt d'un calcul¶

• codes de retour

Documentations à télécharger¶

• Fiche pratique Thor : source:sheet/thor/thorsheet.pdf

• Formation utilisateurs : formation utilisateur thor

Codes installés¶

• Code VASP
• Code LAMMPS
• Abinit
• Espresso
• Code Saturne
• abaqus
• foam

librairies installés¶

• VTK
• BOOST
• blcr utilitaire pour faire du Checkpoint / Restart
• perfboost utilitaire pour améliorer les performances d'un code MPI non compilé avec la librairie MPT de SGI

Commandes¶

espace disque et quota¶

• Connaitre l'espace utilisé sur le systême de fichier LUSTRE et le quota associé au compte
  

  [homer@thor]$ lfs quota -h /scratch
  Disk quotas for user homer (uid WWWW):
       Filesystem    used   quota   limit   grace   files   quota   limit   grace
         /scratch  138.3G      0k      0k       -    6788       0       0       -
  Disk quotas for group springfield (gid ZZZZ):
       Filesystem    used   quota   limit   grace   files   quota   limit   grace
         /scratch  7.301T      0k      0k       -  446904       0       0       -
  [homer@thor]$ lfs quota -h /home
  Disk quotas for user homer (uid WWWW):
       Filesystem    used   quota   limit   grace   files   quota   limit   grace
            /home  12.11G      500G      2T       -  288527       0       0       -
  Disk quotas for group springfield (gid ZZZZ):
       Filesystem    used   quota   limit   grace   files   quota   limit   grace
            /home  2.294T      0k      0k       - 1059718       0       0       -
  

• Connaitre l'espace utilisé sur un répertoire
  

  [homer@thor]$ du -sh
  376K    .