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Gueguen Mikael, 05/22/2015 02:41 PM


Mésocentre SPIN Calcul

Machine de calcul MPI, THOR

La machine de calcul Thor est un cluster MPI SGI ICE-X de 2300 coeurs. Il est composé de 115 lames de calcul bi-socket Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2680 v2 @ 2.80GHz (20 coeurs par lames) avec 32 Go de mémoire par socket soit 3.2 Go par coeurs.

Chaque lame est raccordée à un réseau Infiniband hypercube enhanced FDR à 56 Gbit/s. Le stockage des données de calcul est basé sur un système de fichier parallèle Lustre 2.5 via le réseau Infiniband. Il offre une capacité de 56 To pour le répertoire /scratch et de 21 To pour le répertoire /home.

La connexion à la machine se fait à l'adresse thor.univ-poitiers.fr par ssh sur le port 86 :

ssh -p 86 -X homer@thor.univ-poitiers.fr

monitoring : http://thor-ganglia.univ-poitiers.fr

PBS

création de script de soumission

codes de retour suite à l'arrêt d'un calcul

Documentations à télécharger

Codes installés

librairies installés

  • VTK
  • BOOST
  • blcr utilitaire pour faire du Checkpoint / Restart
  • perfboost utilitaire pour améliorer les performances d'un code MPI non compilé avec la librairie MPT de SGI

Commandes

espace disque et quota

  • Connaitre l'espace utilisé sur le systême de fichier LUSTRE et le quota associé au compte
    [homer@thor]$ lfs quota -h /scratch
    Disk quotas for user homer (uid WWWW):
         Filesystem    used   quota   limit   grace   files   quota   limit   grace
           /scratch  138.3G      0k      0k       -    6788       0       0       -
    Disk quotas for group springfield (gid ZZZZ):
         Filesystem    used   quota   limit   grace   files   quota   limit   grace
           /scratch  7.301T      0k      0k       -  446904       0       0       -
    [homer@thor]$ lfs quota -h /home
    Disk quotas for user homer (uid WWWW):
         Filesystem    used   quota   limit   grace   files   quota   limit   grace
              /home  12.11G      500G      2T       -  288527       0       0       -
    Disk quotas for group springfield (gid ZZZZ):
         Filesystem    used   quota   limit   grace   files   quota   limit   grace
              /home  2.294T      0k      0k       - 1059718       0       0       -
    
  • Connaitre l'espace utilisé sur un répertoire
    [homer@thor]$ du -sh
    376K    .
    

archi_thor.png - architecture (356 KB) Gueguen Mikael, 05/22/2015 03:27 PM

thor.jpg (519 KB) Gueguen Mikael, 05/22/2015 03:28 PM

IMG_1361.JPG - vue thor (103 KB) Gueguen Mikael, 09/01/2015 11:17 AM

initiation_linux_15-03-2021.pdf (4.61 MB) Laplaceta Pierre Francois, 03/15/2021 04:39 PM