Mésocentre SPIN Calcul¶

Machine de calcul MPI, THOR¶

La machine de calcul Thor est un cluster MPI SGI ICE-X de 2300 coeurs. Il est composé de 115 lames de calcul bi-socket Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2680 v2 @ 2.80GHz (20 coeurs par lames) avec 32 Go de mémoire par socket soit 3.2 Go par coeurs.

Chaque lame est raccordée à un réseau Infiniband hypercube enhanced FDR à 56 Gbit/s. Le stockage des données de calcul est basé sur un système de fichier parallèle Lustre 2.5 via le réseau Infiniband. Il offre une capacité de 56 To pour le répertoire /scratch et de 21 To pour le répertoire /home.

La connexion à la machine se fait à l'adresse thor.univ-poitiers.fr par ssh sur le port 86 :

ssh -p 86 -X homer@thor.univ-poitiers.fr

monitoring : http://thor-ganglia.univ-poitiers.fr

PBS¶

principales directives de PBS¶

Les ressources nécessaires au calcul sont définies dans le script de soumission via des directives PBS (lignes de script precèdés de #PBS).
Les directives PBS permettent de :

• preciser le shell qui doit interpreter le script de soumission

#PBS -S /bin/bash

• définir le nom du job soumis

#PBS -N nomJob

• definir la sortie standard (stdout) du job

#PBS -o outputJob.txt

• definir la sortie erreur standard (stderr) du job

#PBS -e errorJob.txt

• rediriger la sortie erreur dans la sortie standard

#PBS -j oe

• spécifier la queue sur laquelle le job va être dirigé

#PBS -q default 

Remarques :
- la queue de routage est default
- elle accède aux queues de soumission (* small, normal, medium, large * ) suivant les ressources demandées

• spécifier le temps maximal d'execution souhaite

#PBS -l walltime=hh:mm:ss

• recevoir un mail à differente etape du job

#PBS -m abe -M homer.simpson@springfield.us

Les parametres de l'option m sont :
a : envoi d'un mail en cas d'arrêt du job avant la fin de l'execution normal
- b : envoi d'un mail en debut de job
- e : envoi d'un mail en fin de job

codes de retour suite à l'arrêt d'un calcul¶

• codes de retour

Documentations à télécharger¶

• Fiche pratique Thor : source:sheet/thor/thorsheet.pdf

• Formation utilisateurs : formation utilisateur thor

Codes installés¶

• Code VASP
• Code LAMMPS
• Abinit
• Espresso
• Code Saturne
• abaqus
• foam

librairies installés¶

• VTK
• BOOST
• blcr utilitaire pour faire du Checkpoint / Restart
• perfboost utilitaire pour améliorer les performances d'un code MPI non compilé avec la librairie MPT de SGI