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Gueguen Mikael, 06/22/2022 09:52 AM

1 3 MOREL Alexandre
h1. Mésocentre SPIN Calcul
2 1 MOREL Alexandre
3 148 Gueguen Mikael
{{>toc}}
4 148 Gueguen Mikael
5 148 Gueguen Mikael
6 80 Gueguen Mikael
h1. Introduction/Les calculateurs
7 68 Gueguen Mikael
8 85 Gueguen Mikael
2 machines de calcul de marque _SGI_ sont disponibles pour des usages différents :
9 1 MOREL Alexandre
10 162 Laplaceta Pierre Francois
* une machine Single System Image (à mémoire partagée ; voir le wiki https://forge.univ-poitiers.fr/projects/calculateur-vision/wiki )
11 118 Gueguen Mikael
* une machine à mémoire distribuée  ; ce présent wiki
12 68 Gueguen Mikael
13 147 GUICHARD Mikael
14 85 Gueguen Mikael
Chaque calculateur dispose de PBSpro avec des files et des usages définis spécifiquement. Ils disposent aussi d'outils et  librairies de calcul spécifiques performants proposés par le constructeur (@mpt,perfboost,MPInside, blcr@).
15 68 Gueguen Mikael
16 147 GUICHARD Mikael
17 154 Gueguen Mikael
h1. Assistance 
18 154 Gueguen Mikael
19 154 Gueguen Mikael
* utiliser l'adresse @hpc at support dot univ-poitiers dot fr@
20 154 Gueguen Mikael
21 153 Gueguen Mikael
-----------------------------------------------------
22 153 Gueguen Mikael
23 137 Gueguen Mikael
24 151 Gueguen Mikael
h1. Documentations à télécharger
25 88 Gueguen Mikael
26 151 Gueguen Mikael
* Fiche pratique Thor : source:sheet/thor/thorsheet.pdf
27 1 MOREL Alexandre
28 1 MOREL Alexandre
* Formation utilisateurs : {{dmsf(113)}}
29 151 Gueguen Mikael
30 166 Laplaceta Pierre Francois
* Formation ligne de commande : {{dmsf(1024)}} / {{dmsf(1025)}} / {{dmsf(818)}}
31 153 Gueguen Mikael
32 153 Gueguen Mikael
-----------------------------------------------------
33 151 Gueguen Mikael
34 151 Gueguen Mikael
35 151 Gueguen Mikael
h1.  Calculateur @Thor@
36 151 Gueguen Mikael
37 81 Gueguen Mikael
h2. PBS
38 26 Gueguen Mikael
39 36 Gueguen Mikael
h3. [[introduction]]
40 36 Gueguen Mikael
41 70 Gueguen Mikael
h3. création de script de soumission, soumission et suivi
42 26 Gueguen Mikael
43 27 Gueguen Mikael
* [[principales directives de PBS]]
44 34 Gueguen Mikael
45 37 Gueguen Mikael
* [[commandes PBS]]
46 1 MOREL Alexandre
47 38 Gueguen Mikael
* [[ variables définies à la soumission d'un job]]
48 62 Gueguen Mikael
49 84 Gueguen Mikael
* [[ files définies ]]  pour les calculateurs
50 1 MOREL Alexandre
51 1 MOREL Alexandre
52 1 MOREL Alexandre
* [[ dépendances entre jobs]]
53 1 MOREL Alexandre
54 1 MOREL Alexandre
* [[ jobs array]]
55 1 MOREL Alexandre
 
56 1 MOREL Alexandre
57 1 MOREL Alexandre
h3. codes de retour suite à l'arrêt d'un calcul 
58 1 MOREL Alexandre
59 1 MOREL Alexandre
* [[codes de retour]]
60 86 Gueguen Mikael
61 87 Gueguen Mikael
h3. [[ exemples de scripts ]]
62 80 Gueguen Mikael
 
63 1 MOREL Alexandre
64 80 Gueguen Mikael
-----------------------------------------------------
65 80 Gueguen Mikael
66 80 Gueguen Mikael
h1. Machine de calcul MPI, THOR
67 1 MOREL Alexandre
68 147 GUICHARD Mikael
p. La machine de calcul Thor est un cluster MPI SGI ICE-X de 3760 coeurs. Il est composé de 188 lames de calcul bi-socket Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2680 v2 @ 2.80GHz (20 coeurs par lames) avec 32 Go de mémoire par socket soit 3.2 Go par coeurs (11 lames disposent de 6,4Go par coeurs). 
69 80 Gueguen Mikael
70 80 Gueguen Mikael
71 139 Gueguen Mikael
p. Chaque lame est raccordée à un réseau Infiniband hypercube enhanced FDR à 56 Gbit/s. Le stockage des données de calcul est basé sur un système de fichier parallèle Lustre 2.5 via le réseau Infiniband. Il offre une capacité de 56 To pour le répertoire @/scratch@ et de 21 To pour le répertoire @/home@.
72 80 Gueguen Mikael
73 80 Gueguen Mikael
p=. !{width: 20%}IMG_1361.JPG!  !{width: 40%}archi_thor.png! 
74 80 Gueguen Mikael
75 80 Gueguen Mikael
La connexion à la machine se fait à l'adresse @thor dot univ-poitiers dot fr@ par @ssh@ sur le port 86 :
76 1 MOREL Alexandre
77 1 MOREL Alexandre
<pre><code>ssh -p 86 -X homer at thor  dot univ-poitiers dot fr</code></pre>
78 1 MOREL Alexandre
79 2 MOREL Alexandre
80 7 Gueguen Mikael
p. monitoring : http://thor-ganglia.univ-poitiers.fr
81 4 Gueguen Mikael
82 50 Gueguen Mikael
h2. [[librairies MPI]]
83 50 Gueguen Mikael
84 1 MOREL Alexandre
h2. [[Compilateurs]]
85 116 Gueguen Mikael
86 116 Gueguen Mikael
h2. [[Profilage de code MPI]]
87 64 Gueguen Mikael
88 144 Gueguen Mikael
h2. [[Codes de pré/post traitement]]
89 144 Gueguen Mikael
90 93 Gueguen Mikael
h2. Codes installés
91 2 MOREL Alexandre
92 57 Gueguen Mikael
Les codes installées sont à utilisés avec l'utilitaire module pour le chargement adhoc des variables d'environnement :
93 57 Gueguen Mikael
<pre>
94 57 Gueguen Mikael
[homer@thor ~]$ module avail codes
95 57 Gueguen Mikael
96 57 Gueguen Mikael
------------------------------------------------------- /sw/Modules/modulefiles -------------------------------------------------------
97 57 Gueguen Mikael
codes/abinit/7.10.1   codes/lammps/2013     codes/saturne/3.2.1   codes/vasp/5.3/kpar   codes/wien2k/2014
98 57 Gueguen Mikael
codes/espresso/5.1.1  codes/openfoam/2.3.1  codes/vasp/5.3/gamma  codes/vasp/5.3/noncol codes/zebulon/Z8.6
99 57 Gueguen Mikael
</pre>
100 57 Gueguen Mikael
101 121 Gueguen Mikael
* [[spin_wien|Code WIEN2k]]
102 2 MOREL Alexandre
* [[spin_vasp|Code VASP]]
103 9 Gueguen Mikael
* [[spin_lammps|Code LAMMPS]]
104 11 Gueguen Mikael
* [[spin_abinit| Abinit]]
105 12 Gueguen Mikael
* [[spin_espresso| Espresso]]
106 13 Gueguen Mikael
* [[spin_saturne| Code Saturne]]
107 13 Gueguen Mikael
* [[spin_abq| abaqus]]
108 16 Gueguen Mikael
* [[spin_openfoam| foam]]
109 145 Gueguen Mikael
* [[spin_dakota|Dakota]]
110 16 Gueguen Mikael
111 149 Gueguen Mikael
h2. librairies scientifiques installées
112 14 Gueguen Mikael
113 56 Gueguen Mikael
les librairies dynamiques possèdent généralement un module associé afin de charger correctement l'environnement :
114 56 Gueguen Mikael
<pre>
115 157 Gueguen Mikael
[homer@thor ]$ module av lib
116 157 Gueguen Mikael
117 157 Gueguen Mikael
--------------------------------- /sw/Modules/modulefiles ----------------------------------
118 157 Gueguen Mikael
lib/adios/1.9.0                lib/mumps/5.0.0
119 157 Gueguen Mikael
lib/adios2/2.4.0               lib/mumps/5.1.2
120 157 Gueguen Mikael
lib/boost/1.55                 lib/netcdf/4.4.0
121 157 Gueguen Mikael
lib/boost/1.67                 lib/netcdf/4.5.0
122 157 Gueguen Mikael
lib/boost/1.70_gcc52           lib/netcdf/ifort/4.4.4
123 157 Gueguen Mikael
lib/boost/1.70_intel18         lib/netcdf/ifort/4.4.4_V2
124 157 Gueguen Mikael
lib/cgns/3.1.4                 lib/openjpeg/2.3.0
125 157 Gueguen Mikael
lib/curl/7.59.0                lib/parmetis/4.0.3
126 157 Gueguen Mikael
lib/eccodes/2.8.0              lib/petsc/3.4.3-opt
127 157 Gueguen Mikael
lib/fftw/3.3.4                 lib/petsc/3.5.2-opt
128 157 Gueguen Mikael
lib/fishpack/4.1               lib/petsc/3.6.3-opt
129 157 Gueguen Mikael
lib/gsl/2.4                    lib/petsc/3.7.2-opt
130 157 Gueguen Mikael
lib/hdf5/intel/1.10.1          lib/qt/5.9.1
131 157 Gueguen Mikael
lib/itk/4.13.0                 lib/scotch/6.0.3
132 157 Gueguen Mikael
lib/metis/5.1.0                lib/tcltk/8.6.5
133 157 Gueguen Mikael
lib/mpl_toolkits.basemap/1.0.7 lib/vtk/5.10.1
134 157 Gueguen Mikael
lib/mumps/4.10.0               lib/vtk/7.1.0
135 56 Gueguen Mikael
</pre>
136 56 Gueguen Mikael
137 58 Gueguen Mikael
* [[spin_vtk| VTK]]  visualization toolkit
138 55 Gueguen Mikael
* [[spin_boost| BOOST]] librairie c++ 
139 1 MOREL Alexandre
* [[PETSc]] librairie de calcul parallèle 
140 141 Gueguen Mikael
* [[eigen]] librairie c++ pour le calcul
141 141 Gueguen Mikael
* [[ITK]] librairie c++ pour le traitement d'image
142 160 Gueguen Mikael
* [[hdf5]] I/O
143 168 Gueguen Mikael
* [[cgns]] I/O
144 28 Gueguen Mikael
145 155 Gueguen Mikael
h2. [[ utilitaires ]] (@git, blcr, perfboost@)
146 119 Gueguen Mikael
147 98 Gueguen Mikael
h2. [[ Système de fichier LUSTRE]]
148 1 MOREL Alexandre
149 97 Gueguen Mikael
150 97 Gueguen Mikael
151 97 Gueguen Mikael
h2.  Commandes
152 97 Gueguen Mikael
153 97 Gueguen Mikael
h3. espace disque
154 28 Gueguen Mikael
155 28 Gueguen Mikael
* Connaitre  l'espace utilisé sur un répertoire
156 28 Gueguen Mikael
<pre>
157 28 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ du -sh
158 28 Gueguen Mikael
376K	.
159 28 Gueguen Mikael
</pre>
160 31 Gueguen Mikael
161 126 Gueguen Mikael
h2.  commandes propres à *thor*
162 31 Gueguen Mikael
163 124 Gueguen Mikael
164 127 Gueguen Mikael
*ces scripts sont localisés sous /sw/tools/bin. Pour les utiliser, ajoutez ce chemin au @PATH@ dans votre @.bashrc@*
165 31 Gueguen Mikael
<pre>
166 31 Gueguen Mikael
PATH=$PATH:/sw/tools/bin
167 124 Gueguen Mikael
</pre>
168 124 Gueguen Mikael
169 143 Gueguen Mikael
* @pbs_queue@ : permet de lister les informations relatives à chaque files définies et la politique de tri des jobs  (_faire @module add intel-cmkl-15@ avant_) :
170 124 Gueguen Mikael
<pre>
171 132 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ pbs_queue -h
172 125 Gueguen Mikael
usage: pbs_queue [-h] [--verbose]
173 125 Gueguen Mikael
174 125 Gueguen Mikael
         Report queue information
175 125 Gueguen Mikael
         --------------------------------
176 125 Gueguen Mikael
             Col 1 : name of queue
177 125 Gueguen Mikael
             Col 2 : Max Possible Walltime
178 125 Gueguen Mikael
             Col 3 : Max number  of Possible running job for one user in this queue
179 125 Gueguen Mikael
             Col 4 : Max number of Possible running job for overall users in this queue
180 125 Gueguen Mikael
             Col 5 : Max number  of Possible Queued job for one user in this queue
181 125 Gueguen Mikael
             Col 6 : Max number  of Possible Queued job for overall users in this queue
182 125 Gueguen Mikael
             Col 7 : Priority Value for this queue
183 125 Gueguen Mikael
             Col 8 : number of Jobs (running and queued)
184 125 Gueguen Mikael
             Col 9 : number of Running jobs
185 125 Gueguen Mikael
             Col 10 : number of Queued jobs
186 125 Gueguen Mikael
187 133 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ pbs_queue
188 124 Gueguen Mikael
=====================================================================================================
189 124 Gueguen Mikael
     Queue        Max       MaxRun    MaxRun  MaxQueued MaxQueued Priority  Current  Running  Queued
190 124 Gueguen Mikael
               Walltime     /user    forall     /user    forall             Jobs     Jobs     Jobs
191 124 Gueguen Mikael
=====================================================================================================
192 124 Gueguen Mikael
     workq      --         0         0         0         0         -         0         0         0
193 124 Gueguen Mikael
    default     --         0         1         0         0         -        13         0        13
194 124 Gueguen Mikael
     large   30:00:00      1         2         1         2        100        1         0         1
195 124 Gueguen Mikael
  small_long 600:00:00     8         8         5        10        20        10         5         5
196 124 Gueguen Mikael
    medium   90:00:00      4         4         6        10        300        9         4         5
197 124 Gueguen Mikael
    normal   110:00:00     5        10        10        15        300       15         3        12
198 124 Gueguen Mikael
     small   96:00:00      0        10         4        10        60        10         4         6
199 124 Gueguen Mikael
     test    01:00:00      0         6         1         6        150        1         1         0
200 124 Gueguen Mikael
    R328002  720:00:00     0         0         0         0         -         7         7         0
201 124 Gueguen Mikael
    S328032  12:00:00      0         0         0         0         -         0         0         0
202 124 Gueguen Mikael
    R328225  4055:00:00     0         0         0         0         -        18        13         5
203 124 Gueguen Mikael
Sorting Jobs policy use : 5*job_requested_cpus+queue_priority+prio+eligible_time/3600.0
204 31 Gueguen Mikael
</pre>
205 31 Gueguen Mikael
206 31 Gueguen Mikael
* @qmem@ : permet de tracer l'utilisation mémoire d'un job
207 123 Gueguen Mikael
<pre>
208 132 Gueguen Mikael
[homer@thor 5cycl]$ qmem --job=339337
209 123 Gueguen Mikael
Memory Usage for job : 339337
210 123 Gueguen Mikael
-------------------------------
211 123 Gueguen Mikael
-> ncpu per host requested : 20
212 123 Gueguen Mikael
-> number of host requested : 4
213 123 Gueguen Mikael
user : tnakano,JID : 339337,
214 123 Gueguen Mikael
host : r1i7n0 r1i7n1 r1i7n2 r1i7n3
215 123 Gueguen Mikael
	-> r1i7n0 : RAM mem = 14.2385063171387	 (GB) ; TOT mem = 19.9174461364746 (GB)
216 123 Gueguen Mikael
	-> nb user pid : 24
217 123 Gueguen Mikael
	-> r1i7n1 : RAM mem = 13.5929222106934	 (GB) ; TOT mem = 24.9528999328613 (GB)
218 123 Gueguen Mikael
	-> nb user pid : 24
219 123 Gueguen Mikael
	-> r1i7n2 : RAM mem = 14.2325859069824	 (GB) ; TOT mem = 25.5949440002441 (GB)
220 123 Gueguen Mikael
	-> nb user pid : 24
221 123 Gueguen Mikael
	-> r1i7n3 : RAM mem = 13.8947525024414	 (GB) ; TOT mem = 25.2552146911621 (GB)
222 123 Gueguen Mikael
	-> nb user pid : 24
223 123 Gueguen Mikael
224 123 Gueguen Mikael
</pre>
225 122 Gueguen Mikael
* @gload@ : charge machine donnée par l'outil de monitoring ganglia 
226 31 Gueguen Mikael
<pre>
227 31 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ gload
228 31 Gueguen Mikael
		total cpus available  : 2460
229 31 Gueguen Mikael
		total used nodes      : 110
230 31 Gueguen Mikael
		total used process    : 1969
231 31 Gueguen Mikael
		1mn load on thor      : 78.9272357723577 %
232 31 Gueguen Mikael
		idle load on thor     : 20.4073170731707 %
233 31 Gueguen Mikael
 
234 31 Gueguen Mikael
</pre> 
235 95 Gueguen Mikael
* @showq, pestat, ustat@ : commandes supplémentaires pbs
236 59 Gueguen Mikael
* @pbsn@ : liste les noeuds et leurs états (@down, job-exclusive, free@)
237 61 Gueguen Mikael
> * connaitre les noeuds libres :
238 59 Gueguen Mikael
> <pre>
239 60 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ pbsn |grep free
240 60 Gueguen Mikael
r1i4n11	free	65000000kb	20
241 60 Gueguen Mikael
r1i4n15	free	65000000kb	20
242 60 Gueguen Mikael
r1i5n13	free	65000000kb	20
243 60 Gueguen Mikael
r1i7n9	free	65000000kb	20
244 60 Gueguen Mikael
</pre>
245 61 Gueguen Mikael
> * compte le nombre de noeuds utilisés 
246 59 Gueguen Mikael
><pre>
247 60 Gueguen Mikael
[homer@thor ~]$ pbsn | grep job | wc -l
248 59 Gueguen Mikael
31
249 1 MOREL Alexandre
</pre> 
250 112 Gueguen Mikael
251 112 Gueguen Mikael
* @running_job_end@ renvoi le nombre de jours restants des calculs en run
252 110 Gueguen Mikael
><pre>
253 111 Gueguen Mikael
[homer@thor ~]$ running_job_end
254 110 Gueguen Mikael
       JID                user               date
255 110 Gueguen Mikael
----------------------------------------------------
256 1 MOREL Alexandre
   226217.thor           dmagne       24 days, 23:50:00
257 110 Gueguen Mikael
   226279.thor           dmagne       24 days, 23:50:00
258 110 Gueguen Mikael
   226280.thor           dmagne       24 days, 23:50:00
259 112 Gueguen Mikael
 ...
260 115 Gueguen Mikael
</pre>