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Gueguen Mikael, 03/26/2020 03:30 PM

1 3 MOREL Alexandre
h1. Mésocentre SPIN Calcul
2 1 MOREL Alexandre
3 148 Gueguen Mikael
{{>toc}}
4 148 Gueguen Mikael
5 148 Gueguen Mikael
6 80 Gueguen Mikael
h1. Introduction/Les calculateurs
7 68 Gueguen Mikael
8 85 Gueguen Mikael
2 machines de calcul de marque _SGI_ sont disponibles pour des usages différents :
9 1 MOREL Alexandre
10 118 Gueguen Mikael
* une machine SMP (à mémoire partagée ; voir le wiki https://forge.univ-poitiers.fr/projects/calculateur-hulk/wiki)
11 118 Gueguen Mikael
* une machine à mémoire distribuée  ; ce présent wiki
12 68 Gueguen Mikael
13 147 GUICHARD Mikael
14 85 Gueguen Mikael
Chaque calculateur dispose de PBSpro avec des files et des usages définis spécifiquement. Ils disposent aussi d'outils et  librairies de calcul spécifiques performants proposés par le constructeur (@mpt,perfboost,MPInside, blcr@).
15 68 Gueguen Mikael
16 147 GUICHARD Mikael
A noter que le Mésocentre SPIN offre aussi une solution de stockage type Amazon S3 :
17 147 GUICHARD Mikael
Mésocentre SPIN Stockage : [[spin_stockage| SPIN Stockage]]
18 147 GUICHARD Mikael
19 154 Gueguen Mikael
h1. Assistance 
20 154 Gueguen Mikael
21 154 Gueguen Mikael
* utiliser l'adresse @hpc at support dot univ-poitiers dot fr@
22 154 Gueguen Mikael
23 153 Gueguen Mikael
-----------------------------------------------------
24 153 Gueguen Mikael
25 137 Gueguen Mikael
26 136 Gueguen Mikael
h1. Calculateur @Hulk@
27 136 Gueguen Mikael
28 136 Gueguen Mikael
* https://forge.univ-poitiers.fr/projects/calculateur-hulk/wiki
29 152 Gueguen Mikael
30 151 Gueguen Mikael
h1. Documentations à télécharger
31 88 Gueguen Mikael
32 151 Gueguen Mikael
* Fiche pratique Thor : source:sheet/thor/thorsheet.pdf
33 1 MOREL Alexandre
34 1 MOREL Alexandre
* Formation utilisateurs : {{dmsf(113)}}
35 151 Gueguen Mikael
36 151 Gueguen Mikael
* Formation ligne de commande : {{dmsf(818)}}
37 153 Gueguen Mikael
38 153 Gueguen Mikael
-----------------------------------------------------
39 151 Gueguen Mikael
40 151 Gueguen Mikael
41 151 Gueguen Mikael
h1.  Calculateur @Thor@
42 151 Gueguen Mikael
43 81 Gueguen Mikael
h2. PBS
44 26 Gueguen Mikael
45 36 Gueguen Mikael
h3. [[introduction]]
46 36 Gueguen Mikael
47 70 Gueguen Mikael
h3. création de script de soumission, soumission et suivi
48 26 Gueguen Mikael
49 27 Gueguen Mikael
* [[principales directives de PBS]]
50 34 Gueguen Mikael
51 37 Gueguen Mikael
* [[commandes PBS]]
52 1 MOREL Alexandre
53 38 Gueguen Mikael
* [[ variables définies à la soumission d'un job]]
54 62 Gueguen Mikael
55 84 Gueguen Mikael
* [[ files définies ]]  pour les calculateurs
56 1 MOREL Alexandre
57 1 MOREL Alexandre
58 1 MOREL Alexandre
* [[ dépendances entre jobs]]
59 1 MOREL Alexandre
60 1 MOREL Alexandre
* [[ jobs array]]
61 1 MOREL Alexandre
 
62 1 MOREL Alexandre
63 1 MOREL Alexandre
h3. codes de retour suite à l'arrêt d'un calcul 
64 1 MOREL Alexandre
65 1 MOREL Alexandre
* [[codes de retour]]
66 86 Gueguen Mikael
67 87 Gueguen Mikael
h3. [[ exemples de scripts ]]
68 80 Gueguen Mikael
 
69 1 MOREL Alexandre
70 80 Gueguen Mikael
-----------------------------------------------------
71 80 Gueguen Mikael
72 80 Gueguen Mikael
h1. Machine de calcul MPI, THOR
73 1 MOREL Alexandre
74 147 GUICHARD Mikael
p. La machine de calcul Thor est un cluster MPI SGI ICE-X de 3760 coeurs. Il est composé de 188 lames de calcul bi-socket Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2680 v2 @ 2.80GHz (20 coeurs par lames) avec 32 Go de mémoire par socket soit 3.2 Go par coeurs (11 lames disposent de 6,4Go par coeurs). 
75 80 Gueguen Mikael
76 80 Gueguen Mikael
77 139 Gueguen Mikael
p. Chaque lame est raccordée à un réseau Infiniband hypercube enhanced FDR à 56 Gbit/s. Le stockage des données de calcul est basé sur un système de fichier parallèle Lustre 2.5 via le réseau Infiniband. Il offre une capacité de 56 To pour le répertoire @/scratch@ et de 21 To pour le répertoire @/home@.
78 80 Gueguen Mikael
79 80 Gueguen Mikael
p=. !{width: 20%}IMG_1361.JPG!  !{width: 40%}archi_thor.png! 
80 80 Gueguen Mikael
81 80 Gueguen Mikael
La connexion à la machine se fait à l'adresse @thor dot univ-poitiers dot fr@ par @ssh@ sur le port 86 :
82 1 MOREL Alexandre
83 1 MOREL Alexandre
<pre><code>ssh -p 86 -X homer at thor  dot univ-poitiers dot fr</code></pre>
84 1 MOREL Alexandre
85 2 MOREL Alexandre
86 7 Gueguen Mikael
p. monitoring : http://thor-ganglia.univ-poitiers.fr
87 4 Gueguen Mikael
88 50 Gueguen Mikael
h2. [[librairies MPI]]
89 50 Gueguen Mikael
90 1 MOREL Alexandre
h2. [[Compilateurs]]
91 116 Gueguen Mikael
92 116 Gueguen Mikael
h2. [[Profilage de code MPI]]
93 64 Gueguen Mikael
94 144 Gueguen Mikael
h2. [[Codes de pré/post traitement]]
95 144 Gueguen Mikael
96 93 Gueguen Mikael
h2. Codes installés
97 2 MOREL Alexandre
98 57 Gueguen Mikael
Les codes installées sont à utilisés avec l'utilitaire module pour le chargement adhoc des variables d'environnement :
99 57 Gueguen Mikael
<pre>
100 57 Gueguen Mikael
[homer@thor ~]$ module avail codes
101 57 Gueguen Mikael
102 57 Gueguen Mikael
------------------------------------------------------- /sw/Modules/modulefiles -------------------------------------------------------
103 57 Gueguen Mikael
codes/abinit/7.10.1   codes/lammps/2013     codes/saturne/3.2.1   codes/vasp/5.3/kpar   codes/wien2k/2014
104 57 Gueguen Mikael
codes/espresso/5.1.1  codes/openfoam/2.3.1  codes/vasp/5.3/gamma  codes/vasp/5.3/noncol codes/zebulon/Z8.6
105 57 Gueguen Mikael
</pre>
106 57 Gueguen Mikael
107 121 Gueguen Mikael
* [[spin_wien|Code WIEN2k]]
108 2 MOREL Alexandre
* [[spin_vasp|Code VASP]]
109 9 Gueguen Mikael
* [[spin_lammps|Code LAMMPS]]
110 11 Gueguen Mikael
* [[spin_abinit| Abinit]]
111 12 Gueguen Mikael
* [[spin_espresso| Espresso]]
112 13 Gueguen Mikael
* [[spin_saturne| Code Saturne]]
113 13 Gueguen Mikael
* [[spin_abq| abaqus]]
114 16 Gueguen Mikael
* [[spin_openfoam| foam]]
115 145 Gueguen Mikael
* [[spin_dakota|Dakota]]
116 16 Gueguen Mikael
117 149 Gueguen Mikael
h2. librairies scientifiques installées
118 14 Gueguen Mikael
119 56 Gueguen Mikael
les librairies dynamiques possèdent généralement un module associé afin de charger correctement l'environnement :
120 56 Gueguen Mikael
<pre>
121 157 Gueguen Mikael
[homer@thor ]$ module av lib
122 157 Gueguen Mikael
123 157 Gueguen Mikael
--------------------------------- /sw/Modules/modulefiles ----------------------------------
124 157 Gueguen Mikael
lib/adios/1.9.0                lib/mumps/5.0.0
125 157 Gueguen Mikael
lib/adios2/2.4.0               lib/mumps/5.1.2
126 157 Gueguen Mikael
lib/boost/1.55                 lib/netcdf/4.4.0
127 157 Gueguen Mikael
lib/boost/1.67                 lib/netcdf/4.5.0
128 157 Gueguen Mikael
lib/boost/1.70_gcc52           lib/netcdf/ifort/4.4.4
129 157 Gueguen Mikael
lib/boost/1.70_intel18         lib/netcdf/ifort/4.4.4_V2
130 157 Gueguen Mikael
lib/cgns/3.1.4                 lib/openjpeg/2.3.0
131 157 Gueguen Mikael
lib/curl/7.59.0                lib/parmetis/4.0.3
132 157 Gueguen Mikael
lib/eccodes/2.8.0              lib/petsc/3.4.3-opt
133 157 Gueguen Mikael
lib/fftw/3.3.4                 lib/petsc/3.5.2-opt
134 157 Gueguen Mikael
lib/fishpack/4.1               lib/petsc/3.6.3-opt
135 157 Gueguen Mikael
lib/gsl/2.4                    lib/petsc/3.7.2-opt
136 157 Gueguen Mikael
lib/hdf5/intel/1.10.1          lib/qt/5.9.1
137 157 Gueguen Mikael
lib/itk/4.13.0                 lib/scotch/6.0.3
138 157 Gueguen Mikael
lib/metis/5.1.0                lib/tcltk/8.6.5
139 157 Gueguen Mikael
lib/mpl_toolkits.basemap/1.0.7 lib/vtk/5.10.1
140 157 Gueguen Mikael
lib/mumps/4.10.0               lib/vtk/7.1.0
141 56 Gueguen Mikael
</pre>
142 56 Gueguen Mikael
143 58 Gueguen Mikael
* [[spin_vtk| VTK]]  visualization toolkit
144 55 Gueguen Mikael
* [[spin_boost| BOOST]] librairie c++ 
145 1 MOREL Alexandre
* [[PETSc]] librairie de calcul parallèle 
146 141 Gueguen Mikael
* [[eigen]] librairie c++ pour le calcul
147 141 Gueguen Mikael
* [[ITK]] librairie c++ pour le traitement d'image
148 28 Gueguen Mikael
149 155 Gueguen Mikael
h2. [[ utilitaires ]] (@git, blcr, perfboost@)
150 119 Gueguen Mikael
151 98 Gueguen Mikael
h2. [[ Système de fichier LUSTRE]]
152 1 MOREL Alexandre
153 97 Gueguen Mikael
154 97 Gueguen Mikael
155 97 Gueguen Mikael
h2.  Commandes
156 97 Gueguen Mikael
157 97 Gueguen Mikael
h3. espace disque
158 28 Gueguen Mikael
159 28 Gueguen Mikael
* Connaitre  l'espace utilisé sur un répertoire
160 28 Gueguen Mikael
<pre>
161 28 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ du -sh
162 28 Gueguen Mikael
376K	.
163 28 Gueguen Mikael
</pre>
164 31 Gueguen Mikael
165 126 Gueguen Mikael
h2.  commandes propres à *thor*
166 31 Gueguen Mikael
167 124 Gueguen Mikael
168 127 Gueguen Mikael
*ces scripts sont localisés sous /sw/tools/bin. Pour les utiliser, ajoutez ce chemin au @PATH@ dans votre @.bashrc@*
169 31 Gueguen Mikael
<pre>
170 31 Gueguen Mikael
PATH=$PATH:/sw/tools/bin
171 124 Gueguen Mikael
</pre>
172 124 Gueguen Mikael
173 143 Gueguen Mikael
* @pbs_queue@ : permet de lister les informations relatives à chaque files définies et la politique de tri des jobs  (_faire @module add intel-cmkl-15@ avant_) :
174 124 Gueguen Mikael
<pre>
175 132 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ pbs_queue -h
176 125 Gueguen Mikael
usage: pbs_queue [-h] [--verbose]
177 125 Gueguen Mikael
178 125 Gueguen Mikael
         Report queue information
179 125 Gueguen Mikael
         --------------------------------
180 125 Gueguen Mikael
             Col 1 : name of queue
181 125 Gueguen Mikael
             Col 2 : Max Possible Walltime
182 125 Gueguen Mikael
             Col 3 : Max number  of Possible running job for one user in this queue
183 125 Gueguen Mikael
             Col 4 : Max number of Possible running job for overall users in this queue
184 125 Gueguen Mikael
             Col 5 : Max number  of Possible Queued job for one user in this queue
185 125 Gueguen Mikael
             Col 6 : Max number  of Possible Queued job for overall users in this queue
186 125 Gueguen Mikael
             Col 7 : Priority Value for this queue
187 125 Gueguen Mikael
             Col 8 : number of Jobs (running and queued)
188 125 Gueguen Mikael
             Col 9 : number of Running jobs
189 125 Gueguen Mikael
             Col 10 : number of Queued jobs
190 125 Gueguen Mikael
191 133 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ pbs_queue
192 124 Gueguen Mikael
=====================================================================================================
193 124 Gueguen Mikael
     Queue        Max       MaxRun    MaxRun  MaxQueued MaxQueued Priority  Current  Running  Queued
194 124 Gueguen Mikael
               Walltime     /user    forall     /user    forall             Jobs     Jobs     Jobs
195 124 Gueguen Mikael
=====================================================================================================
196 124 Gueguen Mikael
     workq      --         0         0         0         0         -         0         0         0
197 124 Gueguen Mikael
    default     --         0         1         0         0         -        13         0        13
198 124 Gueguen Mikael
     large   30:00:00      1         2         1         2        100        1         0         1
199 124 Gueguen Mikael
  small_long 600:00:00     8         8         5        10        20        10         5         5
200 124 Gueguen Mikael
    medium   90:00:00      4         4         6        10        300        9         4         5
201 124 Gueguen Mikael
    normal   110:00:00     5        10        10        15        300       15         3        12
202 124 Gueguen Mikael
     small   96:00:00      0        10         4        10        60        10         4         6
203 124 Gueguen Mikael
     test    01:00:00      0         6         1         6        150        1         1         0
204 124 Gueguen Mikael
    R328002  720:00:00     0         0         0         0         -         7         7         0
205 124 Gueguen Mikael
    S328032  12:00:00      0         0         0         0         -         0         0         0
206 124 Gueguen Mikael
    R328225  4055:00:00     0         0         0         0         -        18        13         5
207 124 Gueguen Mikael
Sorting Jobs policy use : 5*job_requested_cpus+queue_priority+prio+eligible_time/3600.0
208 31 Gueguen Mikael
</pre>
209 31 Gueguen Mikael
210 31 Gueguen Mikael
* @qmem@ : permet de tracer l'utilisation mémoire d'un job
211 123 Gueguen Mikael
<pre>
212 132 Gueguen Mikael
[homer@thor 5cycl]$ qmem --job=339337
213 123 Gueguen Mikael
Memory Usage for job : 339337
214 123 Gueguen Mikael
-------------------------------
215 123 Gueguen Mikael
-> ncpu per host requested : 20
216 123 Gueguen Mikael
-> number of host requested : 4
217 123 Gueguen Mikael
user : tnakano,JID : 339337,
218 123 Gueguen Mikael
host : r1i7n0 r1i7n1 r1i7n2 r1i7n3
219 123 Gueguen Mikael
	-> r1i7n0 : RAM mem = 14.2385063171387	 (GB) ; TOT mem = 19.9174461364746 (GB)
220 123 Gueguen Mikael
	-> nb user pid : 24
221 123 Gueguen Mikael
	-> r1i7n1 : RAM mem = 13.5929222106934	 (GB) ; TOT mem = 24.9528999328613 (GB)
222 123 Gueguen Mikael
	-> nb user pid : 24
223 123 Gueguen Mikael
	-> r1i7n2 : RAM mem = 14.2325859069824	 (GB) ; TOT mem = 25.5949440002441 (GB)
224 123 Gueguen Mikael
	-> nb user pid : 24
225 123 Gueguen Mikael
	-> r1i7n3 : RAM mem = 13.8947525024414	 (GB) ; TOT mem = 25.2552146911621 (GB)
226 123 Gueguen Mikael
	-> nb user pid : 24
227 123 Gueguen Mikael
228 123 Gueguen Mikael
</pre>
229 122 Gueguen Mikael
* @gload@ : charge machine donnée par l'outil de monitoring ganglia 
230 31 Gueguen Mikael
<pre>
231 31 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ gload
232 31 Gueguen Mikael
		total cpus available  : 2460
233 31 Gueguen Mikael
		total used nodes      : 110
234 31 Gueguen Mikael
		total used process    : 1969
235 31 Gueguen Mikael
		1mn load on thor      : 78.9272357723577 %
236 31 Gueguen Mikael
		idle load on thor     : 20.4073170731707 %
237 31 Gueguen Mikael
 
238 31 Gueguen Mikael
</pre> 
239 95 Gueguen Mikael
* @showq, pestat, ustat@ : commandes supplémentaires pbs
240 59 Gueguen Mikael
* @pbsn@ : liste les noeuds et leurs états (@down, job-exclusive, free@)
241 61 Gueguen Mikael
> * connaitre les noeuds libres :
242 59 Gueguen Mikael
> <pre>
243 60 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ pbsn |grep free
244 60 Gueguen Mikael
r1i4n11	free	65000000kb	20
245 60 Gueguen Mikael
r1i4n15	free	65000000kb	20
246 60 Gueguen Mikael
r1i5n13	free	65000000kb	20
247 60 Gueguen Mikael
r1i7n9	free	65000000kb	20
248 60 Gueguen Mikael
</pre>
249 61 Gueguen Mikael
> * compte le nombre de noeuds utilisés 
250 59 Gueguen Mikael
><pre>
251 60 Gueguen Mikael
[homer@thor ~]$ pbsn | grep job | wc -l
252 59 Gueguen Mikael
31
253 1 MOREL Alexandre
</pre> 
254 112 Gueguen Mikael
255 112 Gueguen Mikael
* @running_job_end@ renvoi le nombre de jours restants des calculs en run
256 110 Gueguen Mikael
><pre>
257 111 Gueguen Mikael
[homer@thor ~]$ running_job_end
258 110 Gueguen Mikael
       JID                user               date
259 110 Gueguen Mikael
----------------------------------------------------
260 1 MOREL Alexandre
   226217.thor           dmagne       24 days, 23:50:00
261 110 Gueguen Mikael
   226279.thor           dmagne       24 days, 23:50:00
262 110 Gueguen Mikael
   226280.thor           dmagne       24 days, 23:50:00
263 112 Gueguen Mikael
 ...
264 115 Gueguen Mikael
</pre>