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Gueguen Mikael, 03/26/2020 03:27 PM

1 3 MOREL Alexandre
h1. Mésocentre SPIN Calcul
2 1 MOREL Alexandre
3 148 Gueguen Mikael
{{>toc}}
4 148 Gueguen Mikael
5 148 Gueguen Mikael
6 80 Gueguen Mikael
h1. Introduction/Les calculateurs
7 68 Gueguen Mikael
8 85 Gueguen Mikael
2 machines de calcul de marque _SGI_ sont disponibles pour des usages différents :
9 1 MOREL Alexandre
10 118 Gueguen Mikael
* une machine SMP (à mémoire partagée ; voir le wiki https://forge.univ-poitiers.fr/projects/calculateur-hulk/wiki)
11 118 Gueguen Mikael
* une machine à mémoire distribuée  ; ce présent wiki
12 68 Gueguen Mikael
13 147 GUICHARD Mikael
14 85 Gueguen Mikael
Chaque calculateur dispose de PBSpro avec des files et des usages définis spécifiquement. Ils disposent aussi d'outils et  librairies de calcul spécifiques performants proposés par le constructeur (@mpt,perfboost,MPInside, blcr@).
15 68 Gueguen Mikael
16 147 GUICHARD Mikael
A noter que le Mésocentre SPIN offre aussi une solution de stockage type Amazon S3 :
17 147 GUICHARD Mikael
Mésocentre SPIN Stockage : [[spin_stockage| SPIN Stockage]]
18 147 GUICHARD Mikael
19 154 Gueguen Mikael
h1. Assistance 
20 154 Gueguen Mikael
21 154 Gueguen Mikael
* utiliser l'adresse @hpc at support dot univ-poitiers dot fr@
22 154 Gueguen Mikael
23 153 Gueguen Mikael
-----------------------------------------------------
24 153 Gueguen Mikael
25 137 Gueguen Mikael
26 136 Gueguen Mikael
h1. Calculateur @Hulk@
27 136 Gueguen Mikael
28 136 Gueguen Mikael
* https://forge.univ-poitiers.fr/projects/calculateur-hulk/wiki
29 152 Gueguen Mikael
30 151 Gueguen Mikael
h1. Documentations à télécharger
31 88 Gueguen Mikael
32 151 Gueguen Mikael
* Fiche pratique Thor : source:sheet/thor/thorsheet.pdf
33 1 MOREL Alexandre
34 1 MOREL Alexandre
* Formation utilisateurs : {{dmsf(113)}}
35 151 Gueguen Mikael
36 151 Gueguen Mikael
* Formation ligne de commande : {{dmsf(818)}}
37 153 Gueguen Mikael
38 153 Gueguen Mikael
-----------------------------------------------------
39 151 Gueguen Mikael
40 151 Gueguen Mikael
41 151 Gueguen Mikael
h1.  Calculateur @Thor@
42 151 Gueguen Mikael
43 81 Gueguen Mikael
h2. PBS
44 26 Gueguen Mikael
45 36 Gueguen Mikael
h3. [[introduction]]
46 36 Gueguen Mikael
47 70 Gueguen Mikael
h3. création de script de soumission, soumission et suivi
48 26 Gueguen Mikael
49 27 Gueguen Mikael
* [[principales directives de PBS]]
50 34 Gueguen Mikael
51 37 Gueguen Mikael
* [[commandes PBS]]
52 1 MOREL Alexandre
53 38 Gueguen Mikael
* [[ variables définies à la soumission d'un job]]
54 62 Gueguen Mikael
55 84 Gueguen Mikael
* [[ files définies ]]  pour les calculateurs
56 1 MOREL Alexandre
57 1 MOREL Alexandre
58 1 MOREL Alexandre
* [[ dépendances entre jobs]]
59 1 MOREL Alexandre
60 1 MOREL Alexandre
* [[ jobs array]]
61 1 MOREL Alexandre
 
62 1 MOREL Alexandre
63 1 MOREL Alexandre
h3. codes de retour suite à l'arrêt d'un calcul 
64 1 MOREL Alexandre
65 1 MOREL Alexandre
* [[codes de retour]]
66 86 Gueguen Mikael
67 87 Gueguen Mikael
h3. [[ exemples de scripts ]]
68 80 Gueguen Mikael
 
69 1 MOREL Alexandre
70 80 Gueguen Mikael
-----------------------------------------------------
71 80 Gueguen Mikael
72 80 Gueguen Mikael
h1. Machine de calcul MPI, THOR
73 1 MOREL Alexandre
74 147 GUICHARD Mikael
p. La machine de calcul Thor est un cluster MPI SGI ICE-X de 3760 coeurs. Il est composé de 188 lames de calcul bi-socket Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2680 v2 @ 2.80GHz (20 coeurs par lames) avec 32 Go de mémoire par socket soit 3.2 Go par coeurs (11 lames disposent de 6,4Go par coeurs). 
75 80 Gueguen Mikael
76 80 Gueguen Mikael
77 139 Gueguen Mikael
p. Chaque lame est raccordée à un réseau Infiniband hypercube enhanced FDR à 56 Gbit/s. Le stockage des données de calcul est basé sur un système de fichier parallèle Lustre 2.5 via le réseau Infiniband. Il offre une capacité de 56 To pour le répertoire @/scratch@ et de 21 To pour le répertoire @/home@.
78 80 Gueguen Mikael
79 80 Gueguen Mikael
p=. !{width: 20%}IMG_1361.JPG!  !{width: 40%}archi_thor.png! 
80 80 Gueguen Mikael
81 80 Gueguen Mikael
La connexion à la machine se fait à l'adresse @thor dot univ-poitiers dot fr@ par @ssh@ sur le port 86 :
82 1 MOREL Alexandre
83 1 MOREL Alexandre
<pre><code>ssh -p 86 -X homer at thor  dot univ-poitiers dot fr</code></pre>
84 1 MOREL Alexandre
85 2 MOREL Alexandre
86 7 Gueguen Mikael
p. monitoring : http://thor-ganglia.univ-poitiers.fr
87 4 Gueguen Mikael
88 50 Gueguen Mikael
h2. [[librairies MPI]]
89 50 Gueguen Mikael
90 1 MOREL Alexandre
h2. [[Compilateurs]]
91 116 Gueguen Mikael
92 116 Gueguen Mikael
h2. [[Profilage de code MPI]]
93 64 Gueguen Mikael
94 144 Gueguen Mikael
h2. [[Codes de pré/post traitement]]
95 144 Gueguen Mikael
96 93 Gueguen Mikael
h2. Codes installés
97 2 MOREL Alexandre
98 57 Gueguen Mikael
Les codes installées sont à utilisés avec l'utilitaire module pour le chargement adhoc des variables d'environnement :
99 57 Gueguen Mikael
<pre>
100 57 Gueguen Mikael
[homer@thor ~]$ module avail codes
101 57 Gueguen Mikael
102 57 Gueguen Mikael
------------------------------------------------------- /sw/Modules/modulefiles -------------------------------------------------------
103 57 Gueguen Mikael
codes/abinit/7.10.1   codes/lammps/2013     codes/saturne/3.2.1   codes/vasp/5.3/kpar   codes/wien2k/2014
104 57 Gueguen Mikael
codes/espresso/5.1.1  codes/openfoam/2.3.1  codes/vasp/5.3/gamma  codes/vasp/5.3/noncol codes/zebulon/Z8.6
105 57 Gueguen Mikael
</pre>
106 57 Gueguen Mikael
107 121 Gueguen Mikael
* [[spin_wien|Code WIEN2k]]
108 2 MOREL Alexandre
* [[spin_vasp|Code VASP]]
109 9 Gueguen Mikael
* [[spin_lammps|Code LAMMPS]]
110 11 Gueguen Mikael
* [[spin_abinit| Abinit]]
111 12 Gueguen Mikael
* [[spin_espresso| Espresso]]
112 13 Gueguen Mikael
* [[spin_saturne| Code Saturne]]
113 13 Gueguen Mikael
* [[spin_abq| abaqus]]
114 16 Gueguen Mikael
* [[spin_openfoam| foam]]
115 145 Gueguen Mikael
* [[spin_dakota|Dakota]]
116 16 Gueguen Mikael
117 149 Gueguen Mikael
h2. librairies scientifiques installées
118 14 Gueguen Mikael
119 56 Gueguen Mikael
les librairies dynamiques possèdent généralement un module associé afin de charger correctement l'environnement :
120 56 Gueguen Mikael
<pre>
121 56 Gueguen Mikael
[homer@thor ~]$ module avail lib
122 142 Gueguen Mikael
lib/adios/1.9.0                lib/mpl_toolkits.basemap/1.0.7 lib/petsc/3.6.3-opt
123 142 Gueguen Mikael
lib/boost/1.55                 lib/mumps/4.10.0               lib/petsc/3.7.2-opt
124 142 Gueguen Mikael
lib/cgns/3.1.4                 lib/mumps/5.0.0                lib/qt/5.9.1
125 142 Gueguen Mikael
lib/fftw/3.3.4                 lib/mumps/5.1.2                lib/scotch/6.0.3
126 142 Gueguen Mikael
lib/fishpack/4.1               lib/netcdf/4.4.0               lib/tcltk/8.6.5
127 142 Gueguen Mikael
lib/gsl/2.4                    lib/netcdf/ifort/4.4.4         lib/vtk/5.10.1
128 142 Gueguen Mikael
lib/hdf5/intel/1.10.1          lib/parmetis/4.0.3             lib/vtk/7.1.0
129 142 Gueguen Mikael
lib/itk/4.13.0                 lib/petsc/3.4.3-opt
130 142 Gueguen Mikael
lib/metis/5.1.0                lib/petsc/3.5.2-opt
131 56 Gueguen Mikael
</pre>
132 56 Gueguen Mikael
133 58 Gueguen Mikael
* [[spin_vtk| VTK]]  visualization toolkit
134 55 Gueguen Mikael
* [[spin_boost| BOOST]] librairie c++ 
135 1 MOREL Alexandre
* [[PETSc]] librairie de calcul parallèle 
136 141 Gueguen Mikael
* [[eigen]] librairie c++ pour le calcul
137 141 Gueguen Mikael
* [[ITK]] librairie c++ pour le traitement d'image
138 28 Gueguen Mikael
139 155 Gueguen Mikael
h2. [[ utilitaires ]] (@git, blcr, perfboost@)
140 119 Gueguen Mikael
141 98 Gueguen Mikael
h2. [[ Système de fichier LUSTRE]]
142 1 MOREL Alexandre
143 97 Gueguen Mikael
144 97 Gueguen Mikael
145 97 Gueguen Mikael
h2.  Commandes
146 97 Gueguen Mikael
147 97 Gueguen Mikael
h3. espace disque
148 28 Gueguen Mikael
149 28 Gueguen Mikael
* Connaitre  l'espace utilisé sur un répertoire
150 28 Gueguen Mikael
<pre>
151 28 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ du -sh
152 28 Gueguen Mikael
376K	.
153 28 Gueguen Mikael
</pre>
154 31 Gueguen Mikael
155 126 Gueguen Mikael
h2.  commandes propres à *thor*
156 31 Gueguen Mikael
157 124 Gueguen Mikael
158 127 Gueguen Mikael
*ces scripts sont localisés sous /sw/tools/bin. Pour les utiliser, ajoutez ce chemin au @PATH@ dans votre @.bashrc@*
159 31 Gueguen Mikael
<pre>
160 31 Gueguen Mikael
PATH=$PATH:/sw/tools/bin
161 124 Gueguen Mikael
</pre>
162 124 Gueguen Mikael
163 143 Gueguen Mikael
* @pbs_queue@ : permet de lister les informations relatives à chaque files définies et la politique de tri des jobs  (_faire @module add intel-cmkl-15@ avant_) :
164 124 Gueguen Mikael
<pre>
165 132 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ pbs_queue -h
166 125 Gueguen Mikael
usage: pbs_queue [-h] [--verbose]
167 125 Gueguen Mikael
168 125 Gueguen Mikael
         Report queue information
169 125 Gueguen Mikael
         --------------------------------
170 125 Gueguen Mikael
             Col 1 : name of queue
171 125 Gueguen Mikael
             Col 2 : Max Possible Walltime
172 125 Gueguen Mikael
             Col 3 : Max number  of Possible running job for one user in this queue
173 125 Gueguen Mikael
             Col 4 : Max number of Possible running job for overall users in this queue
174 125 Gueguen Mikael
             Col 5 : Max number  of Possible Queued job for one user in this queue
175 125 Gueguen Mikael
             Col 6 : Max number  of Possible Queued job for overall users in this queue
176 125 Gueguen Mikael
             Col 7 : Priority Value for this queue
177 125 Gueguen Mikael
             Col 8 : number of Jobs (running and queued)
178 125 Gueguen Mikael
             Col 9 : number of Running jobs
179 125 Gueguen Mikael
             Col 10 : number of Queued jobs
180 125 Gueguen Mikael
181 133 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ pbs_queue
182 124 Gueguen Mikael
=====================================================================================================
183 124 Gueguen Mikael
     Queue        Max       MaxRun    MaxRun  MaxQueued MaxQueued Priority  Current  Running  Queued
184 124 Gueguen Mikael
               Walltime     /user    forall     /user    forall             Jobs     Jobs     Jobs
185 124 Gueguen Mikael
=====================================================================================================
186 124 Gueguen Mikael
     workq      --         0         0         0         0         -         0         0         0
187 124 Gueguen Mikael
    default     --         0         1         0         0         -        13         0        13
188 124 Gueguen Mikael
     large   30:00:00      1         2         1         2        100        1         0         1
189 124 Gueguen Mikael
  small_long 600:00:00     8         8         5        10        20        10         5         5
190 124 Gueguen Mikael
    medium   90:00:00      4         4         6        10        300        9         4         5
191 124 Gueguen Mikael
    normal   110:00:00     5        10        10        15        300       15         3        12
192 124 Gueguen Mikael
     small   96:00:00      0        10         4        10        60        10         4         6
193 124 Gueguen Mikael
     test    01:00:00      0         6         1         6        150        1         1         0
194 124 Gueguen Mikael
    R328002  720:00:00     0         0         0         0         -         7         7         0
195 124 Gueguen Mikael
    S328032  12:00:00      0         0         0         0         -         0         0         0
196 124 Gueguen Mikael
    R328225  4055:00:00     0         0         0         0         -        18        13         5
197 124 Gueguen Mikael
Sorting Jobs policy use : 5*job_requested_cpus+queue_priority+prio+eligible_time/3600.0
198 31 Gueguen Mikael
</pre>
199 31 Gueguen Mikael
200 31 Gueguen Mikael
* @qmem@ : permet de tracer l'utilisation mémoire d'un job
201 123 Gueguen Mikael
<pre>
202 132 Gueguen Mikael
[homer@thor 5cycl]$ qmem --job=339337
203 123 Gueguen Mikael
Memory Usage for job : 339337
204 123 Gueguen Mikael
-------------------------------
205 123 Gueguen Mikael
-> ncpu per host requested : 20
206 123 Gueguen Mikael
-> number of host requested : 4
207 123 Gueguen Mikael
user : tnakano,JID : 339337,
208 123 Gueguen Mikael
host : r1i7n0 r1i7n1 r1i7n2 r1i7n3
209 123 Gueguen Mikael
	-> r1i7n0 : RAM mem = 14.2385063171387	 (GB) ; TOT mem = 19.9174461364746 (GB)
210 123 Gueguen Mikael
	-> nb user pid : 24
211 123 Gueguen Mikael
	-> r1i7n1 : RAM mem = 13.5929222106934	 (GB) ; TOT mem = 24.9528999328613 (GB)
212 123 Gueguen Mikael
	-> nb user pid : 24
213 123 Gueguen Mikael
	-> r1i7n2 : RAM mem = 14.2325859069824	 (GB) ; TOT mem = 25.5949440002441 (GB)
214 123 Gueguen Mikael
	-> nb user pid : 24
215 123 Gueguen Mikael
	-> r1i7n3 : RAM mem = 13.8947525024414	 (GB) ; TOT mem = 25.2552146911621 (GB)
216 123 Gueguen Mikael
	-> nb user pid : 24
217 123 Gueguen Mikael
218 123 Gueguen Mikael
</pre>
219 122 Gueguen Mikael
* @gload@ : charge machine donnée par l'outil de monitoring ganglia 
220 31 Gueguen Mikael
<pre>
221 31 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ gload
222 31 Gueguen Mikael
		total cpus available  : 2460
223 31 Gueguen Mikael
		total used nodes      : 110
224 31 Gueguen Mikael
		total used process    : 1969
225 31 Gueguen Mikael
		1mn load on thor      : 78.9272357723577 %
226 31 Gueguen Mikael
		idle load on thor     : 20.4073170731707 %
227 31 Gueguen Mikael
 
228 31 Gueguen Mikael
</pre> 
229 95 Gueguen Mikael
* @showq, pestat, ustat@ : commandes supplémentaires pbs
230 59 Gueguen Mikael
* @pbsn@ : liste les noeuds et leurs états (@down, job-exclusive, free@)
231 61 Gueguen Mikael
> * connaitre les noeuds libres :
232 59 Gueguen Mikael
> <pre>
233 60 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ pbsn |grep free
234 60 Gueguen Mikael
r1i4n11	free	65000000kb	20
235 60 Gueguen Mikael
r1i4n15	free	65000000kb	20
236 60 Gueguen Mikael
r1i5n13	free	65000000kb	20
237 60 Gueguen Mikael
r1i7n9	free	65000000kb	20
238 60 Gueguen Mikael
</pre>
239 61 Gueguen Mikael
> * compte le nombre de noeuds utilisés 
240 59 Gueguen Mikael
><pre>
241 60 Gueguen Mikael
[homer@thor ~]$ pbsn | grep job | wc -l
242 59 Gueguen Mikael
31
243 1 MOREL Alexandre
</pre> 
244 112 Gueguen Mikael
245 112 Gueguen Mikael
* @running_job_end@ renvoi le nombre de jours restants des calculs en run
246 110 Gueguen Mikael
><pre>
247 111 Gueguen Mikael
[homer@thor ~]$ running_job_end
248 110 Gueguen Mikael
       JID                user               date
249 110 Gueguen Mikael
----------------------------------------------------
250 1 MOREL Alexandre
   226217.thor           dmagne       24 days, 23:50:00
251 110 Gueguen Mikael
   226279.thor           dmagne       24 days, 23:50:00
252 110 Gueguen Mikael
   226280.thor           dmagne       24 days, 23:50:00
253 112 Gueguen Mikael
 ...
254 115 Gueguen Mikael
</pre>