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Gueguen Mikael, 01/10/2019 05:37 PM

1 3 MOREL Alexandre
h1. Mésocentre SPIN Calcul
2 1 MOREL Alexandre
3 148 Gueguen Mikael
{{>toc}}
4 148 Gueguen Mikael
5 148 Gueguen Mikael
6 80 Gueguen Mikael
h1. Introduction/Les calculateurs
7 68 Gueguen Mikael
8 85 Gueguen Mikael
2 machines de calcul de marque _SGI_ sont disponibles pour des usages différents :
9 1 MOREL Alexandre
10 118 Gueguen Mikael
* une machine SMP (à mémoire partagée ; voir le wiki https://forge.univ-poitiers.fr/projects/calculateur-hulk/wiki)
11 118 Gueguen Mikael
* une machine à mémoire distribuée  ; ce présent wiki
12 68 Gueguen Mikael
13 147 GUICHARD Mikael
14 85 Gueguen Mikael
Chaque calculateur dispose de PBSpro avec des files et des usages définis spécifiquement. Ils disposent aussi d'outils et  librairies de calcul spécifiques performants proposés par le constructeur (@mpt,perfboost,MPInside, blcr@).
15 68 Gueguen Mikael
16 147 GUICHARD Mikael
A noter que le Mésocentre SPIN offre aussi une solution de stockage type Amazon S3 :
17 147 GUICHARD Mikael
Mésocentre SPIN Stockage : [[spin_stockage| SPIN Stockage]]
18 147 GUICHARD Mikael
19 135 Gueguen Mikael
h1. Calculateur @Hulk@
20 135 Gueguen Mikael
21 136 Gueguen Mikael
* https://forge.univ-poitiers.fr/projects/calculateur-hulk/wiki
22 1 MOREL Alexandre
23 1 MOREL Alexandre
-----------------------------------------------------
24 137 Gueguen Mikael
25 137 Gueguen Mikael
h1. Assistance 
26 136 Gueguen Mikael
27 140 Gueguen Mikael
* utiliser l'adresse @hpc at support dot univ-poitiers dot fr@
28 1 MOREL Alexandre
29 136 Gueguen Mikael
30 136 Gueguen Mikael
-----------------------------------------------------
31 151 Gueguen Mikael
h1. Documentations à télécharger
32 88 Gueguen Mikael
33 151 Gueguen Mikael
* Fiche pratique Thor : source:sheet/thor/thorsheet.pdf
34 151 Gueguen Mikael
35 151 Gueguen Mikael
* Formation utilisateurs : {{dmsf(113)}}
36 151 Gueguen Mikael
37 151 Gueguen Mikael
* Formation ligne de commande : {{dmsf(113)}}
38 151 Gueguen Mikael
39 151 Gueguen Mikael
40 151 Gueguen Mikael
h1.  Calculateur @Thor@
41 151 Gueguen Mikael
42 81 Gueguen Mikael
h2. PBS
43 26 Gueguen Mikael
44 36 Gueguen Mikael
h3. [[introduction]]
45 36 Gueguen Mikael
46 70 Gueguen Mikael
h3. création de script de soumission, soumission et suivi
47 26 Gueguen Mikael
48 27 Gueguen Mikael
* [[principales directives de PBS]]
49 34 Gueguen Mikael
50 37 Gueguen Mikael
* [[commandes PBS]]
51 1 MOREL Alexandre
52 38 Gueguen Mikael
* [[ variables définies à la soumission d'un job]]
53 62 Gueguen Mikael
54 84 Gueguen Mikael
* [[ files définies ]]  pour les calculateurs
55 1 MOREL Alexandre
56 1 MOREL Alexandre
57 1 MOREL Alexandre
* [[ dépendances entre jobs]]
58 1 MOREL Alexandre
59 1 MOREL Alexandre
* [[ jobs array]]
60 1 MOREL Alexandre
 
61 1 MOREL Alexandre
62 1 MOREL Alexandre
h3. codes de retour suite à l'arrêt d'un calcul 
63 1 MOREL Alexandre
64 1 MOREL Alexandre
* [[codes de retour]]
65 86 Gueguen Mikael
66 87 Gueguen Mikael
h3. [[ exemples de scripts ]]
67 80 Gueguen Mikael
 
68 1 MOREL Alexandre
69 80 Gueguen Mikael
-----------------------------------------------------
70 80 Gueguen Mikael
71 80 Gueguen Mikael
h1. Machine de calcul MPI, THOR
72 1 MOREL Alexandre
73 147 GUICHARD Mikael
p. La machine de calcul Thor est un cluster MPI SGI ICE-X de 3760 coeurs. Il est composé de 188 lames de calcul bi-socket Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2680 v2 @ 2.80GHz (20 coeurs par lames) avec 32 Go de mémoire par socket soit 3.2 Go par coeurs (11 lames disposent de 6,4Go par coeurs). 
74 80 Gueguen Mikael
75 80 Gueguen Mikael
76 139 Gueguen Mikael
p. Chaque lame est raccordée à un réseau Infiniband hypercube enhanced FDR à 56 Gbit/s. Le stockage des données de calcul est basé sur un système de fichier parallèle Lustre 2.5 via le réseau Infiniband. Il offre une capacité de 56 To pour le répertoire @/scratch@ et de 21 To pour le répertoire @/home@.
77 80 Gueguen Mikael
78 80 Gueguen Mikael
p=. !{width: 20%}IMG_1361.JPG!  !{width: 40%}archi_thor.png! 
79 80 Gueguen Mikael
80 80 Gueguen Mikael
La connexion à la machine se fait à l'adresse @thor dot univ-poitiers dot fr@ par @ssh@ sur le port 86 :
81 1 MOREL Alexandre
82 1 MOREL Alexandre
<pre><code>ssh -p 86 -X homer at thor  dot univ-poitiers dot fr</code></pre>
83 1 MOREL Alexandre
84 2 MOREL Alexandre
85 7 Gueguen Mikael
p. monitoring : http://thor-ganglia.univ-poitiers.fr
86 4 Gueguen Mikael
87 50 Gueguen Mikael
h2. [[librairies MPI]]
88 50 Gueguen Mikael
89 1 MOREL Alexandre
h2. [[Compilateurs]]
90 116 Gueguen Mikael
91 116 Gueguen Mikael
h2. [[Profilage de code MPI]]
92 64 Gueguen Mikael
93 144 Gueguen Mikael
h2. [[Codes de pré/post traitement]]
94 144 Gueguen Mikael
95 93 Gueguen Mikael
h2. Codes installés
96 2 MOREL Alexandre
97 57 Gueguen Mikael
Les codes installées sont à utilisés avec l'utilitaire module pour le chargement adhoc des variables d'environnement :
98 57 Gueguen Mikael
<pre>
99 57 Gueguen Mikael
[homer@thor ~]$ module avail codes
100 57 Gueguen Mikael
101 57 Gueguen Mikael
------------------------------------------------------- /sw/Modules/modulefiles -------------------------------------------------------
102 57 Gueguen Mikael
codes/abinit/7.10.1   codes/lammps/2013     codes/saturne/3.2.1   codes/vasp/5.3/kpar   codes/wien2k/2014
103 57 Gueguen Mikael
codes/espresso/5.1.1  codes/openfoam/2.3.1  codes/vasp/5.3/gamma  codes/vasp/5.3/noncol codes/zebulon/Z8.6
104 57 Gueguen Mikael
</pre>
105 57 Gueguen Mikael
106 121 Gueguen Mikael
* [[spin_wien|Code WIEN2k]]
107 2 MOREL Alexandre
* [[spin_vasp|Code VASP]]
108 9 Gueguen Mikael
* [[spin_lammps|Code LAMMPS]]
109 11 Gueguen Mikael
* [[spin_abinit| Abinit]]
110 12 Gueguen Mikael
* [[spin_espresso| Espresso]]
111 13 Gueguen Mikael
* [[spin_saturne| Code Saturne]]
112 13 Gueguen Mikael
* [[spin_abq| abaqus]]
113 16 Gueguen Mikael
* [[spin_openfoam| foam]]
114 145 Gueguen Mikael
* [[spin_dakota|Dakota]]
115 16 Gueguen Mikael
116 149 Gueguen Mikael
h2. librairies scientifiques installées
117 14 Gueguen Mikael
118 56 Gueguen Mikael
les librairies dynamiques possèdent généralement un module associé afin de charger correctement l'environnement :
119 56 Gueguen Mikael
<pre>
120 56 Gueguen Mikael
[homer@thor ~]$ module avail lib
121 142 Gueguen Mikael
lib/adios/1.9.0                lib/mpl_toolkits.basemap/1.0.7 lib/petsc/3.6.3-opt
122 142 Gueguen Mikael
lib/boost/1.55                 lib/mumps/4.10.0               lib/petsc/3.7.2-opt
123 142 Gueguen Mikael
lib/cgns/3.1.4                 lib/mumps/5.0.0                lib/qt/5.9.1
124 142 Gueguen Mikael
lib/fftw/3.3.4                 lib/mumps/5.1.2                lib/scotch/6.0.3
125 142 Gueguen Mikael
lib/fishpack/4.1               lib/netcdf/4.4.0               lib/tcltk/8.6.5
126 142 Gueguen Mikael
lib/gsl/2.4                    lib/netcdf/ifort/4.4.4         lib/vtk/5.10.1
127 142 Gueguen Mikael
lib/hdf5/intel/1.10.1          lib/parmetis/4.0.3             lib/vtk/7.1.0
128 142 Gueguen Mikael
lib/itk/4.13.0                 lib/petsc/3.4.3-opt
129 142 Gueguen Mikael
lib/metis/5.1.0                lib/petsc/3.5.2-opt
130 56 Gueguen Mikael
</pre>
131 56 Gueguen Mikael
132 58 Gueguen Mikael
* [[spin_vtk| VTK]]  visualization toolkit
133 55 Gueguen Mikael
* [[spin_boost| BOOST]] librairie c++ 
134 1 MOREL Alexandre
* [[PETSc]] librairie de calcul parallèle 
135 141 Gueguen Mikael
* [[eigen]] librairie c++ pour le calcul
136 141 Gueguen Mikael
* [[ITK]] librairie c++ pour le traitement d'image
137 28 Gueguen Mikael
138 150 Gueguen Mikael
h2. [[ utilitaires ]] (@blcr, perfboost@)
139 119 Gueguen Mikael
140 98 Gueguen Mikael
h2. [[ Système de fichier LUSTRE]]
141 1 MOREL Alexandre
142 97 Gueguen Mikael
143 97 Gueguen Mikael
144 97 Gueguen Mikael
h2.  Commandes
145 97 Gueguen Mikael
146 97 Gueguen Mikael
h3. espace disque
147 28 Gueguen Mikael
148 28 Gueguen Mikael
* Connaitre  l'espace utilisé sur un répertoire
149 28 Gueguen Mikael
<pre>
150 28 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ du -sh
151 28 Gueguen Mikael
376K	.
152 28 Gueguen Mikael
</pre>
153 31 Gueguen Mikael
154 126 Gueguen Mikael
h2.  commandes propres à *thor*
155 31 Gueguen Mikael
156 124 Gueguen Mikael
157 127 Gueguen Mikael
*ces scripts sont localisés sous /sw/tools/bin. Pour les utiliser, ajoutez ce chemin au @PATH@ dans votre @.bashrc@*
158 31 Gueguen Mikael
<pre>
159 31 Gueguen Mikael
PATH=$PATH:/sw/tools/bin
160 124 Gueguen Mikael
</pre>
161 124 Gueguen Mikael
162 143 Gueguen Mikael
* @pbs_queue@ : permet de lister les informations relatives à chaque files définies et la politique de tri des jobs  (_faire @module add intel-cmkl-15@ avant_) :
163 124 Gueguen Mikael
<pre>
164 132 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ pbs_queue -h
165 125 Gueguen Mikael
usage: pbs_queue [-h] [--verbose]
166 125 Gueguen Mikael
167 125 Gueguen Mikael
         Report queue information
168 125 Gueguen Mikael
         --------------------------------
169 125 Gueguen Mikael
             Col 1 : name of queue
170 125 Gueguen Mikael
             Col 2 : Max Possible Walltime
171 125 Gueguen Mikael
             Col 3 : Max number  of Possible running job for one user in this queue
172 125 Gueguen Mikael
             Col 4 : Max number of Possible running job for overall users in this queue
173 125 Gueguen Mikael
             Col 5 : Max number  of Possible Queued job for one user in this queue
174 125 Gueguen Mikael
             Col 6 : Max number  of Possible Queued job for overall users in this queue
175 125 Gueguen Mikael
             Col 7 : Priority Value for this queue
176 125 Gueguen Mikael
             Col 8 : number of Jobs (running and queued)
177 125 Gueguen Mikael
             Col 9 : number of Running jobs
178 125 Gueguen Mikael
             Col 10 : number of Queued jobs
179 125 Gueguen Mikael
180 133 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ pbs_queue
181 124 Gueguen Mikael
=====================================================================================================
182 124 Gueguen Mikael
     Queue        Max       MaxRun    MaxRun  MaxQueued MaxQueued Priority  Current  Running  Queued
183 124 Gueguen Mikael
               Walltime     /user    forall     /user    forall             Jobs     Jobs     Jobs
184 124 Gueguen Mikael
=====================================================================================================
185 124 Gueguen Mikael
     workq      --         0         0         0         0         -         0         0         0
186 124 Gueguen Mikael
    default     --         0         1         0         0         -        13         0        13
187 124 Gueguen Mikael
     large   30:00:00      1         2         1         2        100        1         0         1
188 124 Gueguen Mikael
  small_long 600:00:00     8         8         5        10        20        10         5         5
189 124 Gueguen Mikael
    medium   90:00:00      4         4         6        10        300        9         4         5
190 124 Gueguen Mikael
    normal   110:00:00     5        10        10        15        300       15         3        12
191 124 Gueguen Mikael
     small   96:00:00      0        10         4        10        60        10         4         6
192 124 Gueguen Mikael
     test    01:00:00      0         6         1         6        150        1         1         0
193 124 Gueguen Mikael
    R328002  720:00:00     0         0         0         0         -         7         7         0
194 124 Gueguen Mikael
    S328032  12:00:00      0         0         0         0         -         0         0         0
195 124 Gueguen Mikael
    R328225  4055:00:00     0         0         0         0         -        18        13         5
196 124 Gueguen Mikael
Sorting Jobs policy use : 5*job_requested_cpus+queue_priority+prio+eligible_time/3600.0
197 31 Gueguen Mikael
</pre>
198 31 Gueguen Mikael
199 31 Gueguen Mikael
* @qmem@ : permet de tracer l'utilisation mémoire d'un job
200 123 Gueguen Mikael
<pre>
201 132 Gueguen Mikael
[homer@thor 5cycl]$ qmem --job=339337
202 123 Gueguen Mikael
Memory Usage for job : 339337
203 123 Gueguen Mikael
-------------------------------
204 123 Gueguen Mikael
-> ncpu per host requested : 20
205 123 Gueguen Mikael
-> number of host requested : 4
206 123 Gueguen Mikael
user : tnakano,JID : 339337,
207 123 Gueguen Mikael
host : r1i7n0 r1i7n1 r1i7n2 r1i7n3
208 123 Gueguen Mikael
	-> r1i7n0 : RAM mem = 14.2385063171387	 (GB) ; TOT mem = 19.9174461364746 (GB)
209 123 Gueguen Mikael
	-> nb user pid : 24
210 123 Gueguen Mikael
	-> r1i7n1 : RAM mem = 13.5929222106934	 (GB) ; TOT mem = 24.9528999328613 (GB)
211 123 Gueguen Mikael
	-> nb user pid : 24
212 123 Gueguen Mikael
	-> r1i7n2 : RAM mem = 14.2325859069824	 (GB) ; TOT mem = 25.5949440002441 (GB)
213 123 Gueguen Mikael
	-> nb user pid : 24
214 123 Gueguen Mikael
	-> r1i7n3 : RAM mem = 13.8947525024414	 (GB) ; TOT mem = 25.2552146911621 (GB)
215 123 Gueguen Mikael
	-> nb user pid : 24
216 123 Gueguen Mikael
217 123 Gueguen Mikael
</pre>
218 122 Gueguen Mikael
* @gload@ : charge machine donnée par l'outil de monitoring ganglia 
219 31 Gueguen Mikael
<pre>
220 31 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ gload
221 31 Gueguen Mikael
		total cpus available  : 2460
222 31 Gueguen Mikael
		total used nodes      : 110
223 31 Gueguen Mikael
		total used process    : 1969
224 31 Gueguen Mikael
		1mn load on thor      : 78.9272357723577 %
225 31 Gueguen Mikael
		idle load on thor     : 20.4073170731707 %
226 31 Gueguen Mikael
 
227 31 Gueguen Mikael
</pre> 
228 95 Gueguen Mikael
* @showq, pestat, ustat@ : commandes supplémentaires pbs
229 59 Gueguen Mikael
* @pbsn@ : liste les noeuds et leurs états (@down, job-exclusive, free@)
230 61 Gueguen Mikael
> * connaitre les noeuds libres :
231 59 Gueguen Mikael
> <pre>
232 60 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ pbsn |grep free
233 60 Gueguen Mikael
r1i4n11	free	65000000kb	20
234 60 Gueguen Mikael
r1i4n15	free	65000000kb	20
235 60 Gueguen Mikael
r1i5n13	free	65000000kb	20
236 60 Gueguen Mikael
r1i7n9	free	65000000kb	20
237 60 Gueguen Mikael
</pre>
238 61 Gueguen Mikael
> * compte le nombre de noeuds utilisés 
239 59 Gueguen Mikael
><pre>
240 60 Gueguen Mikael
[homer@thor ~]$ pbsn | grep job | wc -l
241 59 Gueguen Mikael
31
242 1 MOREL Alexandre
</pre> 
243 112 Gueguen Mikael
244 112 Gueguen Mikael
* @running_job_end@ renvoi le nombre de jours restants des calculs en run
245 110 Gueguen Mikael
><pre>
246 111 Gueguen Mikael
[homer@thor ~]$ running_job_end
247 110 Gueguen Mikael
       JID                user               date
248 110 Gueguen Mikael
----------------------------------------------------
249 1 MOREL Alexandre
   226217.thor           dmagne       24 days, 23:50:00
250 110 Gueguen Mikael
   226279.thor           dmagne       24 days, 23:50:00
251 110 Gueguen Mikael
   226280.thor           dmagne       24 days, 23:50:00
252 112 Gueguen Mikael
 ...
253 115 Gueguen Mikael
</pre>