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Gueguen Mikael, 03/22/2018 03:28 PM

1 3 MOREL Alexandre
h1. Mésocentre SPIN Calcul
2 1 MOREL Alexandre
3 80 Gueguen Mikael
h1. Introduction/Les calculateurs
4 68 Gueguen Mikael
5 85 Gueguen Mikael
2 machines de calcul de marque _SGI_ sont disponibles pour des usages différents :
6 1 MOREL Alexandre
7 118 Gueguen Mikael
* une machine SMP (à mémoire partagée ; voir le wiki https://forge.univ-poitiers.fr/projects/calculateur-hulk/wiki)
8 118 Gueguen Mikael
* une machine à mémoire distribuée  ; ce présent wiki
9 68 Gueguen Mikael
10 85 Gueguen Mikael
Chaque calculateur dispose de PBSpro avec des files et des usages définis spécifiquement. Ils disposent aussi d'outils et  librairies de calcul spécifiques performants proposés par le constructeur (@mpt,perfboost,MPInside, blcr@).
11 68 Gueguen Mikael
12 135 Gueguen Mikael
h1. Calculateur @Hulk@
13 135 Gueguen Mikael
14 136 Gueguen Mikael
* https://forge.univ-poitiers.fr/projects/calculateur-hulk/wiki
15 1 MOREL Alexandre
16 1 MOREL Alexandre
-----------------------------------------------------
17 137 Gueguen Mikael
18 137 Gueguen Mikael
h1. Assistance 
19 136 Gueguen Mikael
20 140 Gueguen Mikael
* utiliser l'adresse @hpc at support dot univ-poitiers dot fr@
21 1 MOREL Alexandre
22 136 Gueguen Mikael
23 136 Gueguen Mikael
-----------------------------------------------------
24 88 Gueguen Mikael
25 81 Gueguen Mikael
h2. PBS
26 26 Gueguen Mikael
27 36 Gueguen Mikael
h3. [[introduction]]
28 36 Gueguen Mikael
29 70 Gueguen Mikael
h3. création de script de soumission, soumission et suivi
30 26 Gueguen Mikael
31 27 Gueguen Mikael
* [[principales directives de PBS]]
32 34 Gueguen Mikael
33 37 Gueguen Mikael
* [[commandes PBS]]
34 1 MOREL Alexandre
35 38 Gueguen Mikael
* [[ variables définies à la soumission d'un job]]
36 62 Gueguen Mikael
37 84 Gueguen Mikael
* [[ files définies ]]  pour les calculateurs
38 1 MOREL Alexandre
39 1 MOREL Alexandre
40 1 MOREL Alexandre
* [[ dépendances entre jobs]]
41 1 MOREL Alexandre
42 1 MOREL Alexandre
* [[ jobs array]]
43 1 MOREL Alexandre
 
44 1 MOREL Alexandre
45 1 MOREL Alexandre
h3. codes de retour suite à l'arrêt d'un calcul 
46 1 MOREL Alexandre
47 1 MOREL Alexandre
* [[codes de retour]]
48 86 Gueguen Mikael
49 87 Gueguen Mikael
h3. [[ exemples de scripts ]]
50 80 Gueguen Mikael
 
51 1 MOREL Alexandre
52 81 Gueguen Mikael
-----------------------------------------------------
53 80 Gueguen Mikael
54 80 Gueguen Mikael
h1. Machine de calcul MPI, THOR
55 80 Gueguen Mikael
56 80 Gueguen Mikael
p. La machine de calcul Thor est un cluster MPI SGI ICE-X de 2300 coeurs. Il est composé de 115 lames de calcul bi-socket Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2680 v2 @ 2.80GHz (20 coeurs par lames) avec 32 Go de mémoire par socket soit 3.2 Go par coeurs. 
57 80 Gueguen Mikael
58 80 Gueguen Mikael
59 97 Gueguen Mikael
p. Chaque lame est raccordée à un réseau Infiniband hypercube enhanced FDR à 56 Gbit/s. Le stockage des données de calcul est basé sur un système de fichier parallèle Lustre 2.5 via le réseau Infiniband. Il offre une capacité de 56 To pour le répertoire @/scratch@ et de 21 To pour le répertoire @/home@.
60 80 Gueguen Mikael
61 80 Gueguen Mikael
p=. !{width: 20%}IMG_1361.JPG!  !{width: 40%}archi_thor.png! 
62 80 Gueguen Mikael
63 131 Gueguen Mikael
La connexion à la machine se fait à l'adresse @thor dot univ-poitiers dot fr@ par @ssh@ sur le port 86 :
64 80 Gueguen Mikael
65 139 Gueguen Mikael
<pre><code>ssh -p 86 -X homer at thor  dot univ-poitiers dot fr</code></pre>
66 80 Gueguen Mikael
67 80 Gueguen Mikael
68 80 Gueguen Mikael
p. monitoring : http://thor-ganglia.univ-poitiers.fr
69 80 Gueguen Mikael
70 1 MOREL Alexandre
h2. Documentations à télécharger
71 1 MOREL Alexandre
72 1 MOREL Alexandre
* Fiche pratique Thor : source:sheet/thor/thorsheet.pdf
73 2 MOREL Alexandre
74 7 Gueguen Mikael
* Formation utilisateurs : {{dmsf(113)}}
75 4 Gueguen Mikael
76 50 Gueguen Mikael
h2. [[librairies MPI]]
77 50 Gueguen Mikael
78 1 MOREL Alexandre
h2. [[Compilateurs]]
79 116 Gueguen Mikael
80 116 Gueguen Mikael
h2. [[Profilage de code MPI]]
81 64 Gueguen Mikael
82 93 Gueguen Mikael
h2. Codes installés
83 2 MOREL Alexandre
84 57 Gueguen Mikael
Les codes installées sont à utilisés avec l'utilitaire module pour le chargement adhoc des variables d'environnement :
85 57 Gueguen Mikael
<pre>
86 57 Gueguen Mikael
[homer@thor ~]$ module avail codes
87 57 Gueguen Mikael
88 57 Gueguen Mikael
------------------------------------------------------- /sw/Modules/modulefiles -------------------------------------------------------
89 57 Gueguen Mikael
codes/abinit/7.10.1   codes/lammps/2013     codes/saturne/3.2.1   codes/vasp/5.3/kpar   codes/wien2k/2014
90 57 Gueguen Mikael
codes/espresso/5.1.1  codes/openfoam/2.3.1  codes/vasp/5.3/gamma  codes/vasp/5.3/noncol codes/zebulon/Z8.6
91 57 Gueguen Mikael
</pre>
92 57 Gueguen Mikael
93 121 Gueguen Mikael
* [[spin_wien|Code WIEN2k]]
94 2 MOREL Alexandre
* [[spin_vasp|Code VASP]]
95 9 Gueguen Mikael
* [[spin_lammps|Code LAMMPS]]
96 11 Gueguen Mikael
* [[spin_abinit| Abinit]]
97 12 Gueguen Mikael
* [[spin_espresso| Espresso]]
98 13 Gueguen Mikael
* [[spin_saturne| Code Saturne]]
99 13 Gueguen Mikael
* [[spin_abq| abaqus]]
100 16 Gueguen Mikael
* [[spin_openfoam| foam]]
101 16 Gueguen Mikael
102 14 Gueguen Mikael
h2. librairies installés
103 14 Gueguen Mikael
104 56 Gueguen Mikael
les librairies dynamiques possèdent généralement un module associé afin de charger correctement l'environnement :
105 56 Gueguen Mikael
<pre>
106 56 Gueguen Mikael
[homer@thor ~]$ module avail lib
107 142 Gueguen Mikael
lib/adios/1.9.0                lib/mpl_toolkits.basemap/1.0.7 lib/petsc/3.6.3-opt
108 142 Gueguen Mikael
lib/boost/1.55                 lib/mumps/4.10.0               lib/petsc/3.7.2-opt
109 142 Gueguen Mikael
lib/cgns/3.1.4                 lib/mumps/5.0.0                lib/qt/5.9.1
110 142 Gueguen Mikael
lib/fftw/3.3.4                 lib/mumps/5.1.2                lib/scotch/6.0.3
111 142 Gueguen Mikael
lib/fishpack/4.1               lib/netcdf/4.4.0               lib/tcltk/8.6.5
112 142 Gueguen Mikael
lib/gsl/2.4                    lib/netcdf/ifort/4.4.4         lib/vtk/5.10.1
113 142 Gueguen Mikael
lib/hdf5/intel/1.10.1          lib/parmetis/4.0.3             lib/vtk/7.1.0
114 142 Gueguen Mikael
lib/itk/4.13.0                 lib/petsc/3.4.3-opt
115 142 Gueguen Mikael
lib/metis/5.1.0                lib/petsc/3.5.2-opt
116 56 Gueguen Mikael
</pre>
117 56 Gueguen Mikael
118 58 Gueguen Mikael
* [[spin_vtk| VTK]]  visualization toolkit
119 55 Gueguen Mikael
* [[spin_boost| BOOST]] librairie c++ 
120 55 Gueguen Mikael
* [[PETSc]] librairie de calcul parallèle 
121 23 Gueguen Mikael
* [[blcr]] utilitaire pour faire du Checkpoint / Restart 
122 1 MOREL Alexandre
* [[perfboost]] utilitaire pour améliorer les performances d'un code MPI non compilé avec la librairie MPT de SGI
123 141 Gueguen Mikael
* [[eigen]] librairie c++ pour le calcul
124 141 Gueguen Mikael
* [[ITK]] librairie c++ pour le traitement d'image
125 28 Gueguen Mikael
126 119 Gueguen Mikael
h2. [[ utilitaires ]]
127 119 Gueguen Mikael
128 98 Gueguen Mikael
h2. [[ Système de fichier LUSTRE]]
129 1 MOREL Alexandre
130 97 Gueguen Mikael
131 97 Gueguen Mikael
132 97 Gueguen Mikael
h2.  Commandes
133 97 Gueguen Mikael
134 97 Gueguen Mikael
h3. espace disque
135 28 Gueguen Mikael
136 28 Gueguen Mikael
* Connaitre  l'espace utilisé sur un répertoire
137 28 Gueguen Mikael
<pre>
138 28 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ du -sh
139 28 Gueguen Mikael
376K	.
140 28 Gueguen Mikael
</pre>
141 31 Gueguen Mikael
142 126 Gueguen Mikael
h2.  commandes propres à *thor*
143 31 Gueguen Mikael
144 124 Gueguen Mikael
145 127 Gueguen Mikael
*ces scripts sont localisés sous /sw/tools/bin. Pour les utiliser, ajoutez ce chemin au @PATH@ dans votre @.bashrc@*
146 31 Gueguen Mikael
<pre>
147 31 Gueguen Mikael
PATH=$PATH:/sw/tools/bin
148 124 Gueguen Mikael
</pre>
149 124 Gueguen Mikael
150 143 Gueguen Mikael
* @pbs_queue@ : permet de lister les informations relatives à chaque files définies et la politique de tri des jobs  (_faire @module add intel-cmkl-15@ avant_) :
151 124 Gueguen Mikael
<pre>
152 132 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ pbs_queue -h
153 125 Gueguen Mikael
usage: pbs_queue [-h] [--verbose]
154 125 Gueguen Mikael
155 125 Gueguen Mikael
         Report queue information
156 125 Gueguen Mikael
         --------------------------------
157 125 Gueguen Mikael
             Col 1 : name of queue
158 125 Gueguen Mikael
             Col 2 : Max Possible Walltime
159 125 Gueguen Mikael
             Col 3 : Max number  of Possible running job for one user in this queue
160 125 Gueguen Mikael
             Col 4 : Max number of Possible running job for overall users in this queue
161 125 Gueguen Mikael
             Col 5 : Max number  of Possible Queued job for one user in this queue
162 125 Gueguen Mikael
             Col 6 : Max number  of Possible Queued job for overall users in this queue
163 125 Gueguen Mikael
             Col 7 : Priority Value for this queue
164 125 Gueguen Mikael
             Col 8 : number of Jobs (running and queued)
165 125 Gueguen Mikael
             Col 9 : number of Running jobs
166 125 Gueguen Mikael
             Col 10 : number of Queued jobs
167 125 Gueguen Mikael
168 133 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ pbs_queue
169 124 Gueguen Mikael
=====================================================================================================
170 124 Gueguen Mikael
     Queue        Max       MaxRun    MaxRun  MaxQueued MaxQueued Priority  Current  Running  Queued
171 124 Gueguen Mikael
               Walltime     /user    forall     /user    forall             Jobs     Jobs     Jobs
172 124 Gueguen Mikael
=====================================================================================================
173 124 Gueguen Mikael
     workq      --         0         0         0         0         -         0         0         0
174 124 Gueguen Mikael
    default     --         0         1         0         0         -        13         0        13
175 124 Gueguen Mikael
     large   30:00:00      1         2         1         2        100        1         0         1
176 124 Gueguen Mikael
  small_long 600:00:00     8         8         5        10        20        10         5         5
177 124 Gueguen Mikael
    medium   90:00:00      4         4         6        10        300        9         4         5
178 124 Gueguen Mikael
    normal   110:00:00     5        10        10        15        300       15         3        12
179 124 Gueguen Mikael
     small   96:00:00      0        10         4        10        60        10         4         6
180 124 Gueguen Mikael
     test    01:00:00      0         6         1         6        150        1         1         0
181 124 Gueguen Mikael
    R328002  720:00:00     0         0         0         0         -         7         7         0
182 124 Gueguen Mikael
    S328032  12:00:00      0         0         0         0         -         0         0         0
183 124 Gueguen Mikael
    R328225  4055:00:00     0         0         0         0         -        18        13         5
184 124 Gueguen Mikael
Sorting Jobs policy use : 5*job_requested_cpus+queue_priority+prio+eligible_time/3600.0
185 31 Gueguen Mikael
</pre>
186 31 Gueguen Mikael
187 31 Gueguen Mikael
* @qmem@ : permet de tracer l'utilisation mémoire d'un job
188 123 Gueguen Mikael
<pre>
189 132 Gueguen Mikael
[homer@thor 5cycl]$ qmem --job=339337
190 123 Gueguen Mikael
Memory Usage for job : 339337
191 123 Gueguen Mikael
-------------------------------
192 123 Gueguen Mikael
-> ncpu per host requested : 20
193 123 Gueguen Mikael
-> number of host requested : 4
194 123 Gueguen Mikael
user : tnakano,JID : 339337,
195 123 Gueguen Mikael
host : r1i7n0 r1i7n1 r1i7n2 r1i7n3
196 123 Gueguen Mikael
	-> r1i7n0 : RAM mem = 14.2385063171387	 (GB) ; TOT mem = 19.9174461364746 (GB)
197 123 Gueguen Mikael
	-> nb user pid : 24
198 123 Gueguen Mikael
	-> r1i7n1 : RAM mem = 13.5929222106934	 (GB) ; TOT mem = 24.9528999328613 (GB)
199 123 Gueguen Mikael
	-> nb user pid : 24
200 123 Gueguen Mikael
	-> r1i7n2 : RAM mem = 14.2325859069824	 (GB) ; TOT mem = 25.5949440002441 (GB)
201 123 Gueguen Mikael
	-> nb user pid : 24
202 123 Gueguen Mikael
	-> r1i7n3 : RAM mem = 13.8947525024414	 (GB) ; TOT mem = 25.2552146911621 (GB)
203 123 Gueguen Mikael
	-> nb user pid : 24
204 123 Gueguen Mikael
205 123 Gueguen Mikael
</pre>
206 122 Gueguen Mikael
* @gload@ : charge machine donnée par l'outil de monitoring ganglia 
207 31 Gueguen Mikael
<pre>
208 31 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ gload
209 31 Gueguen Mikael
		total cpus available  : 2460
210 31 Gueguen Mikael
		total used nodes      : 110
211 31 Gueguen Mikael
		total used process    : 1969
212 31 Gueguen Mikael
		1mn load on thor      : 78.9272357723577 %
213 31 Gueguen Mikael
		idle load on thor     : 20.4073170731707 %
214 31 Gueguen Mikael
 
215 31 Gueguen Mikael
</pre> 
216 95 Gueguen Mikael
* @showq, pestat, ustat@ : commandes supplémentaires pbs
217 59 Gueguen Mikael
* @pbsn@ : liste les noeuds et leurs états (@down, job-exclusive, free@)
218 61 Gueguen Mikael
> * connaitre les noeuds libres :
219 59 Gueguen Mikael
> <pre>
220 60 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ pbsn |grep free
221 60 Gueguen Mikael
r1i4n11	free	65000000kb	20
222 60 Gueguen Mikael
r1i4n15	free	65000000kb	20
223 60 Gueguen Mikael
r1i5n13	free	65000000kb	20
224 60 Gueguen Mikael
r1i7n9	free	65000000kb	20
225 60 Gueguen Mikael
</pre>
226 61 Gueguen Mikael
> * compte le nombre de noeuds utilisés 
227 59 Gueguen Mikael
><pre>
228 60 Gueguen Mikael
[homer@thor ~]$ pbsn | grep job | wc -l
229 59 Gueguen Mikael
31
230 1 MOREL Alexandre
</pre> 
231 112 Gueguen Mikael
232 112 Gueguen Mikael
* @running_job_end@ renvoi le nombre de jours restants des calculs en run
233 110 Gueguen Mikael
><pre>
234 111 Gueguen Mikael
[homer@thor ~]$ running_job_end
235 110 Gueguen Mikael
       JID                user               date
236 110 Gueguen Mikael
----------------------------------------------------
237 1 MOREL Alexandre
   226217.thor           dmagne       24 days, 23:50:00
238 110 Gueguen Mikael
   226279.thor           dmagne       24 days, 23:50:00
239 110 Gueguen Mikael
   226280.thor           dmagne       24 days, 23:50:00
240 112 Gueguen Mikael
 ...
241 115 Gueguen Mikael
</pre>