Principales directives de PBS

Les ressources nécessaires au calcul sont définies dans le script de soumission via des directives PBS (lignes de script precèdés de #PBS).
Les directives PBS permettent de :

  • définir un nombre de blocs de ressources à allouer pour le calcul
#PBS -l select=nb:resName1=resValue1:resName2:resValue2...

Les principales ressources allouables (resName1, resName2) sont :
- ncpus correspondant aux nombres de coeurs
- mpiprocs correspondant aux nombres de processus MPI
- mem correspondant a la mémoire totale
- pmem correspondant à la mémoire par coeurs

  • Exemple pour réserver 1 bloc de 20 coeurs se partageant 60 go de mémoire :
#PBS -l select=1:ncpus=20:mem=60gb
  • Exemple pour réserver 4 blocs de 10 coeurs pour lesquels on attribue un processus MPI par coeurs soient 40 coeurs :
#PBS -l select=4:ncpus=10:mpiprocs=10

  • preciser le shell qui doit interpreter le script de soumission
#PBS -S /bin/bash
  • définir le nom du job soumis
#PBS -N nomJob
  • definir la sortie standard (stdout) du job
#PBS -o outputJob.txt
  • definir la sortie erreur standard (stderr) du job
#PBS -e errorJob.txt
  • rediriger la sortie erreur dans la sortie standard
#PBS -j oe
  • spécifier la queue sur laquelle le job va être dirigé
#PBS -q default 

Remarques :
- la queue de routage est default
- elle accède aux queues de soumission ( small, normal, medium, large ) suivant les ressources demandées

  • spécifier le temps maximal d'exécution souhaité
#PBS -l walltime=hh:mm:ss
  • recevoir un mail à différente étape du job
#PBS -m abe -M homer.simpson@springfield.us

Les parametres de l'option -m sont :
-a : envoi d'un mail en cas d'arrêt du job avant la fin de l'execution normal
-b : envoi d'un mail en debut de job
-e : envoi d'un mail en fin de job