Commandes PBS » History » Version 12

Gueguen Mikael, 01/20/2021 04:23 PM

1 1 Gueguen Mikael
h1. Commandes PBS
2 1 Gueguen Mikael
3 11 Gueguen Mikael
{{>toc}}
4 11 Gueguen Mikael
5 12 Gueguen Mikael
h2.  *Soumission* : 
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7 12 Gueguen Mikael
La commande @qsub@ permet de soumettre en job en indiquant le nom du script PBS :
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<pre>
9 1 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ qsub script_pbs.sh
10 1 Gueguen Mikael
21894.thor
11 1 Gueguen Mikael
</pre> 
12 1 Gueguen Mikael
13 1 Gueguen Mikael
> La commande qsub retourne l'identifiant du job (@JID@). Suivant les ressources demandées, le job sera en cours (@R state@) en ou en attente (@Q state@)
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15 12 Gueguen Mikael
h2.  *destruction d'un job en cours ou en attente* : 
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17 12 Gueguen Mikael
La commande qdel permet de tuer un job en cours d'exécution en indiquant son identifiant :
18 1 Gueguen Mikael
<pre>
19 1 Gueguen Mikael
[homer@thor]$  qdel 21894
20 1 Gueguen Mikael
</pre>
21 1 Gueguen Mikael
 
22 12 Gueguen Mikael
h2. *Suivi des jobs* : 
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La commande qstat permet d'obtenir des informations sur un job en cours d'exécution en indiquant son  @JID@ :
25 1 Gueguen Mikael
<pre>
26 1 Gueguen Mikael
[homer@thor]$ qstat 21900.thor
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Job id            Name             User              Time Use S Queue
28 1 Gueguen Mikael
----------------  ---------------- ----------------  -------- - -----
29 9 Gueguen Mikael
21900.thor        diffusion.pbs    homer                 0 Q small 
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</pre>
31 1 Gueguen Mikael
32 1 Gueguen Mikael
* Plusieurs options permettent d'obtenir des informations complémentaires : 
33 3 Gueguen Mikael
**  @qstat -f@ : permet d'obtenir des informations détaillées sur le job.
34 3 Gueguen Mikael
** @qstat -a@ : permet d'obtenir le walltime plutot que le cputime
35 3 Gueguen Mikael
** @qstat -s@ : permet d'obtenir des informations sur le job (raisons pour lequel le job est en attente
36 1 Gueguen Mikael
** @qstat -n@ : permet d'obtenir les noeuds utilisés
37 1 Gueguen Mikael
** @qstat -T@ : permet d'obtenir le début estimé du job en attente
38 1 Gueguen Mikael
** @qstat -p@ : pourcentage de temps réalisé du job
39 4 Gueguen Mikael
** @qstat -i@ : permet d'obtenir les jobs en état différents du mode @R@
40 4 Gueguen Mikael
** @qstat -r@ :  permet d'obtenir les jobs en état @R@
41 3 Gueguen Mikael
** @qstat -u homer@ : ne récupère que les jobs du user donnée
42 1 Gueguen Mikael
** @qstat -Q@ ; @qstat -q@  : informations sur les files définies 
43 4 Gueguen Mikael
** @qstat -Qf @ ; @qstat -Bf@ : informations détaillées sur la définition des files 
44 5 Gueguen Mikael
45 5 Gueguen Mikael
* Avoir des informations complémentaire sur le lancement des jobs :
46 5 Gueguen Mikael
** @tracejob@  : print log messages for a PBS job
47 8 Gueguen Mikael
** *exemple* : voir la succession des logs pour les jobs lancés par un utilisateur @homer@ :
48 5 Gueguen Mikael
><pre>
49 5 Gueguen Mikael
[homer@thor ~]$ tracejob `qselect -u homer`
50 5 Gueguen Mikael
51 5 Gueguen Mikael
Job: 37855.thor
52 5 Gueguen Mikael
53 5 Gueguen Mikael
06/09/2015 00:12:58  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
54 5 Gueguen Mikael
06/09/2015 00:16:47  S    enqueuing into normal, state 1 hop 1
55 5 Gueguen Mikael
06/09/2015 00:16:47  S    Requeueing job, substate: 10 Requeued in queue: normal
56 5 Gueguen Mikael
06/09/2015 01:16:37  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
57 5 Gueguen Mikael
06/09/2015 02:16:36  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
58 5 Gueguen Mikael
06/09/2015 03:16:37  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
59 5 Gueguen Mikael
06/09/2015 04:16:39  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
60 5 Gueguen Mikael
06/09/2015 05:16:37  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
61 5 Gueguen Mikael
06/09/2015 06:16:36  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
62 5 Gueguen Mikael
06/09/2015 07:16:36  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
63 5 Gueguen Mikael
06/09/2015 08:16:37  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
64 5 Gueguen Mikael
06/09/2015 09:16:36  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
65 5 Gueguen Mikael
06/09/2015 10:04:57  L    Considering job to run
66 5 Gueguen Mikael
06/09/2015 10:04:57  L    Not enough free nodes available
67 5 Gueguen Mikael
</pre>
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h2. Jobs interactifs
70 10 Gueguen Mikael
71 10 Gueguen Mikael
Il est possible de lancer une simulation en interactif en utilisant la commande @qsub -I@ : 
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73 10 Gueguen Mikael
<pre>
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[@thor ~]$ qsub -I  -l select=2:ncpus=20:mpiprocs=20:ompthreads=1 -l walltime=10:00:00
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qsub: waiting for job 3090201.thor to start
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qsub: job 3090201.thor ready
77 10 Gueguen Mikael
78 10 Gueguen Mikael
Start Prologue v2.5.3 Wed Jan 20 16:21:44 CET 2021
79 10 Gueguen Mikael
End Prologue v2.5.3 Wed Jan 20 16:21:45 CET 2021
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81 10 Gueguen Mikael
cd /home//pbs.3090201.thor.x8z
82 10 Gueguen Mikael
[@r2i2n0 ~]$ cd /home/gueguenm/pbs.3090201.thor.x8z
83 10 Gueguen Mikael
[@r2i2n0 pbs.3090201.thor.x8z]$ cd $PBS_O_WORKDIR
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</pre>