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Gueguen Mikael, 01/20/2021 04:22 PM


Commandes PBS

  • Soumission : La commande qsub permet de soumettre en job en indiquant le nom du script PBS :
    [homer@thor]$ qsub script_pbs.sh
    21894.thor
    

La commande qsub retourne l'identifiant du job (JID). Suivant les ressources demandées, le job sera en cours (R state) en ou en attente (Q state)

  • destruction d'un job en cours ou en attente : La commande qdel permet de tuer un job en cours d'exécution en indiquant son identifiant :
    [homer@thor]$  qdel 21894
    
  • Suivi des jobs : La commande qstat permet d'obtenir des informations sur un job en cours d'exécution en indiquant son JID :
    [homer@thor]$ qstat 21900.thor
    Job id            Name             User              Time Use S Queue
    ----------------  ---------------- ----------------  -------- - -----
    21900.thor        diffusion.pbs    homer                 0 Q small 
    
  • Plusieurs options permettent d'obtenir des informations complémentaires :
    • qstat -f : permet d'obtenir des informations détaillées sur le job.
    • qstat -a : permet d'obtenir le walltime plutot que le cputime
    • qstat -s : permet d'obtenir des informations sur le job (raisons pour lequel le job est en attente
    • qstat -n : permet d'obtenir les noeuds utilisés
    • qstat -T : permet d'obtenir le début estimé du job en attente
    • qstat -p : pourcentage de temps réalisé du job
    • qstat -i : permet d'obtenir les jobs en état différents du mode R
    • qstat -r : permet d'obtenir les jobs en état R
    • qstat -u homer : ne récupère que les jobs du user donnée
    • qstat -Q ; qstat -q : informations sur les files définies
    • qstat -Qf ; qstat -Bf : informations détaillées sur la définition des files
  • Avoir des informations complémentaire sur le lancement des jobs :
    • tracejob : print log messages for a PBS job
    • exemple : voir la succession des logs pour les jobs lancés par un utilisateur homer :
[homer@thor ~]$ tracejob `qselect -u homer`

Job: 37855.thor

06/09/2015 00:12:58  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
06/09/2015 00:16:47  S    enqueuing into normal, state 1 hop 1
06/09/2015 00:16:47  S    Requeueing job, substate: 10 Requeued in queue: normal
06/09/2015 01:16:37  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
06/09/2015 02:16:36  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
06/09/2015 03:16:37  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
06/09/2015 04:16:39  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
06/09/2015 05:16:37  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
06/09/2015 06:16:36  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
06/09/2015 07:16:36  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
06/09/2015 08:16:37  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
06/09/2015 09:16:36  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
06/09/2015 10:04:57  L    Considering job to run
06/09/2015 10:04:57  L    Not enough free nodes available

Jobs interactifs

Il est possible de lancer une simulation en interactif en utilisant la commande qsub -I :

[@thor ~]$ qsub -I  -l select=2:ncpus=20:mpiprocs=20:ompthreads=1 -l walltime=10:00:00
qsub: waiting for job 3090201.thor to start
qsub: job 3090201.thor ready

Start Prologue v2.5.3 Wed Jan 20 16:21:44 CET 2021
End Prologue v2.5.3 Wed Jan 20 16:21:45 CET 2021

cd /home//pbs.3090201.thor.x8z
[@r2i2n0 ~]$ cd /home/gueguenm/pbs.3090201.thor.x8z
[@r2i2n0 pbs.3090201.thor.x8z]$ cd $PBS_O_WORKDIR