Commandes PBS

Soumission :

La commande qsub permet de soumettre en job en indiquant le nom du script PBS :

[homer@thor]$ qsub script_pbs.sh
21894.thor

La commande qsub retourne l'identifiant du job (JID). Suivant les ressources demandées, le job sera en cours (R state) en ou en attente (Q state)

destruction d'un job en cours ou en attente :

La commande qdel permet de tuer un job en cours d'exécution en indiquant son identifiant :

[homer@thor]$  qdel 21894

Suivi des jobs :

La commande qstat permet d'obtenir des informations sur un job en cours d'exécution en indiquant son JID :

[homer@thor]$ qstat 21900.thor
Job id            Name             User              Time Use S Queue
----------------  ---------------- ----------------  -------- - -----
21900.thor        diffusion.pbs    homer                 0 Q small 

  • Plusieurs options permettent d'obtenir des informations complémentaires :
    • qstat -f : permet d'obtenir des informations détaillées sur le job.
    • qstat -a : permet d'obtenir le walltime plutot que le cputime
    • qstat -s : permet d'obtenir des informations sur le job (raisons pour lequel le job est en attente
    • qstat -n : permet d'obtenir les noeuds utilisés
    • qstat -T : permet d'obtenir le début estimé du job en attente
    • qstat -p : pourcentage de temps réalisé du job
    • qstat -i : permet d'obtenir les jobs en état différents du mode R
    • qstat -r : permet d'obtenir les jobs en état R
    • qstat -u homer : ne récupère que les jobs du user donnée
    • qstat -Q ; qstat -q : informations sur les files définies
    • qstat -Qf ; qstat -Bf : informations détaillées sur la définition des files
  • Avoir des informations complémentaire sur le lancement des jobs :
    • tracejob : print log messages for a PBS job
    • exemple : voir la succession des logs pour les jobs lancés par un utilisateur homer :
[homer@thor ~]$ tracejob `qselect -u homer`

Job: 37855.thor

06/09/2015 00:12:58  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
06/09/2015 00:16:47  S    enqueuing into normal, state 1 hop 1
06/09/2015 00:16:47  S    Requeueing job, substate: 10 Requeued in queue: normal
06/09/2015 01:16:37  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
06/09/2015 02:16:36  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
06/09/2015 03:16:37  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
06/09/2015 04:16:39  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
06/09/2015 05:16:37  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
06/09/2015 06:16:36  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
06/09/2015 07:16:36  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
06/09/2015 08:16:37  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
06/09/2015 09:16:36  S    Job Modified at request of root@thor.ice.univ-poitiers.fr
06/09/2015 10:04:57  L    Considering job to run
06/09/2015 10:04:57  L    Not enough free nodes available

Jobs interactifs

Il est possible de lancer une simulation en interactif en utilisant la commande qsub -I :

[@thor ~]$ qsub -I  -l select=2:ncpus=20:mpiprocs=20:ompthreads=1 -l walltime=10:00:00
qsub: waiting for job 3090201.thor to start
qsub: job 3090201.thor ready

Start Prologue v2.5.3 Wed Jan 20 16:21:44 CET 2021
End Prologue v2.5.3 Wed Jan 20 16:21:45 CET 2021

cd /home//pbs.3090201.thor.x8z
[@r2i2n0 ~]$ cd /home/gueguenm/pbs.3090201.thor.x8z
[@r2i2n0 pbs.3090201.thor.x8z]$ cd $PBS_O_WORKDIR