Codes Installés

Pré/post traitement

Volview

VolView is an open-source, interactive system for volume visualization that allows to quickly explore and analyze complex 3D medical or scientific data. Users can load and interactively explore datasets using 2D and 3D display methods and tools. 3D tools include volume rendering, maximum intensity projections, and oblique reformatting. The ability to save an entire visualization session allows users to easily stop and start sessions. Advanced users can perform custom data processing using a simple plug-in API.

Usage

[homer@hulk]$ module load volview-3.4
[homer@hulk]$ VolView # ou vglrun -d `get_display` gmsh si session interactive sur GPU

Gmsh

Gmsh is a 3D finite element grid generator with a build-in CAD engine and post-processor. Its design goal is to provide a fast, light and user-friendly meshing tool with parametric input and advanced visualization capabilities. Gmsh is built around four modules: geometry, mesh, solver and post-processing. The specification of any input to these modules is done either interactively using the graphical user interface or in ASCII text files using Gmsh's own scripting language.

Usage

[homer@hulk]$ module load gmsh-2.11
[homer@hulk]$ which gmsh
/sw/gmsh/2.11/bin/gmsh
[homer@hulk]$  gmsh # ou vglrun -d `get_display` VolView si session interactive sur GPU

Abaqus

Code éléments finis pour le calcul de structure. Les versions 6.12,6.13,6.14 sont installées sur HULK

La licence du code est de type commercial, il faut donc au préalable bénéficier de l'accès au serveur de licence pour effectuer les calculs, et dans ce cadre faire une demande auprès des administrateurs

soumission en ligne de commande

le code de calcul peut être lancé directement sans script de soumission (en étant placé sous data), le code passant automatiquement dans les files définies sur PBS :

[homer@hulk]$ abaqus job=unjob user=UMAT.f cpus=16 -queue calcul
[homer@hulk]$ abaqus job=unjob user=UMAT.f cpus=16 -queue calcul:ppn8:mem30Gb

fichier d'environnement

Pour bénéficier de l'accélération du code et de bonnes performances, il faut modifier la configuration. Il faut dans ce cas en faire la demande auprès des administrateurs.

accelération via GPUS

Il est possible d'utiliser les cartes graphiques disponibles sur HULK lors de l'utilisation du solveur, il faut dans ce cas utiliser la file visuq pour accéder à une carte :

[homer@hulk]$ abaqus job=unjob cpus=1 gpus=1 -queue visuq

Les directives PBS correspondantes :

#PBS -l select=1:ncpus=1:mpiprocs=1:ngpus=1
#PBS -q visuq

abaqus   interactive job=unjob cpus=$NCPUS  gpus=1

Soumission par un script

Il est possible de lancer le code en utilisant un script de soumission si on souhaite avoir plus de possibilités concernant la gestion des paramètres de PBS :
Le script d'exemple permettant de lancer le code : run_abaqus.pbs

Pour lancer la commande :

[homer@hulk]$ qsub run_abaqus.pbs
64120.thor