Fiji

Fiji is an image processing package — a "batteries-included" distribution of ImageJ, bundling many plugins which facilitate scientific image analysis.

Reference

Usage

Mode interactif sans utilisation de ressources graphiques

  • réservation des ressources : utilisation de la commande qsub en mode interactif ; il faut utiliser l'option -V pour pouvoir récupérer l'affichage X11
[gueguenm@vision ~]$ qsub -V -I -l select=1:ncpus=24:ompthreads=24:mem=48Gb -l walltime=1:20:00 -q interq
...
  • chargement du module et lancement de la commande ImageJ :
[gueguenm@vision ~]$ module add codes/Fiji
[gueguenm@vision ~]$ ImageJ

Mode interactif avec utilisation de ressources graphiques

  • Utilisation du script runDesktop
  • Une fois l'interface graphique lancée, ouvrir un terminal, charger le module et la commande ImageJ
[gueguenm@vision ~]$ module add codes/Fiji
[gueguenm@vision ~]$ ImageJ