Commandes propres à VISION

visualisation graphique de la charge

  • gr_systat

placement des processus

  • dplace et omplace
    Forcer la répartition des coeurs et l'allocation en local de la mémoire :
dplace -e -n nom_programme -c 0-16 numactl -l nom_programme

ici le programme "nom_programme" et a été lancée sur 16 coeurs (code openmp par exemple)
l'utilisation de dplace évite le load balancing des nouveaux noyaux Linux : la mémoire est allouée sur la même lame que le coeur de calcul alloué

files PBS disponibles

[root@vision ~]# /softs/tools/bin/pbs_queue
=====================================================================================================
     Queue        Max       MaxRun    MaxRun  MaxQueued MaxQueued Priority  Current  Running  Queued
               Walltime     /user    forall     /user    forall             Jobs     Jobs     Jobs
=====================================================================================================
     workq   50:00:00      3         0         0         0        20         0         0         0
    calcul   48:00:00      0         0         0         0        120        1         0         1
     gpuq    40:00:00      0         0         0         0        140        0         0         0
     visuq   40:00:00      0         0         0         0        140        0         0         0
    default     --         0         0         0         0         -         0         0         0
  calcul_small90:00:00      0         0         0         0        100        1         1         0
    interq   40:00:00      0         0         0         0        140        0         0         0
Sorting Jobs policy use : standard PBS sort
Max queued per user  : 20
Max run per user  : 3
Max cpus per user : 188
Max gpus per user : --

scripts utilitaires

ces scripts sont localisés sous /softs/tools/bin. Pour les utiliser, il faut ajouter ce chemin au PATH dans votre .bashrc

PATH=$PATH:/softs/tools/bin

  • pbsn : liste les noeuds et leurs états (down, job-exclusive, free)
  • connaitre les noeuds libres :
    [root@vision ~]# /softs/tools/bin/pbsn
    vision    free    0b    0
    vision[0]    job-busy    189265mb    24
    vision[1]    job-busy    190330mb    24
    vision[2]    free    190330mb    24
    vision[3]    free    190330mb    24
    vision[4]    free    190330mb    24
    vision[5]    free    190330mb    24
    vision[6]    free    190330mb    24
    vision[7]    free    190330mb    24
    
  • get_mem_usage -all|me : connaitre l'utilisation mémoire de la machine pour l'ensemble des processus ou pour ses propres processus.
    [homer@vision ~]# /softs/tools/bin/get_mem_usage -all
    VISION Mem Total 268.78 GB
    
  • qmem : connaitre l'utilisation mémoire d'un job :
    [root@vision ~]# /softs/tools/bin/qmem --job=5618
    Memory Usage for job : 5618
    -------------------------------
    PBS Hosts used : vision[0] vision[1] vision[2]
    -> number of host requested : 3
    node number : 0 1 2
         user : naitalia,JID : 5618
        -> Memory used from numactl : -5.3603515625 -24.771484375 -153.4208984375 (GB) for nodes 0 1 2
        -> Mem Nodes used for cpuset : mems 0-2
        -> RAM mem = 268.013153076172     (GB) ; TOT mem = 276.907325744629 (GB)
        -> nb user pid : 51
        -> pids : 62326 62574 62582 62615 65566 65567 65568 65569 65570 65571 65572 65573 65574 65575 65576 65577 65578 65579 65580 65581 65582 65583 65584 65585 65586 65587 65588 65589 65590 65591 65592 65593 65594 65595 65596 65597 65598 65599 65600 65601 65602 65603 65604 65605 65606 65607 65608 65609 65610 65611 65612